microRNA.org website
Category Cross-Omics>Knowledge Bases / Databases / Tools
Abstract The microRNA.org website is een uitgebreide bron (database) van microRNA doelvoorspellingen en expressie profielen.
Doelvoorspellingen zijn gebaseerd op een ontwikkeling van het miRanda-algoritme waarin de huidige biologische kennis over doelregels en het gebruik van een up-to-date compendium van microRNA ‘ s bij zoogdieren is verwerkt (zie hieronder…).
de door miRanda voorspelde doelplaatsen worden gescoord op waarschijnlijkheid van mRNA down-Regulatie met behulp van mirSVR, een regressiemodel dat is getraind op sequentie en contextuele kenmerken van de voorspelde miRNA::mRNA duplex (zie hieronder…)
Expressieprofielen zijn afgeleid van een uitgebreid sequencingproject van een grote reeks weefsels en cellijnen van zoogdieren van normale oorsprong en van ziekte.
deze website stelt gebruikers in staat om te onderzoeken:
1) de set van genen die mogelijk worden gereguleerd door een bepaalde microRNA.
2) het gelijktijdig voorkomen van voorspelde doelplaatsen voor meerdere microRNA ‘ s in een mRNA.
3) MicroRNA-expressieprofielen in verschillende weefsels van zoogdieren.
nieuwe versie van miRanda target prediction algorithm —
Doelvoorspellingen worden uitgevoerd met behulp van het miRanda-algoritme dat optimale sequentie-complementariteit berekent tussen een set volwassen microRNA ‘ s en een bepaald mRNA met behulp van een gewogen dynamisch programmeeralgoritme.
voor meer gedetailleerde informatie over de doelvoorspelling (s), zie de paper: De microRNA.org bron: doelen en expressie. Betel D, Wilson M, Gabow a, Marks DS, Sander C., nucleïnezuren res. 2008 Jan; 36( Database Issue): D149-53.
er zijn verschillende kleine correcties en vereenvoudigingen aangebracht in de miRanda-broncode. Wijzigingen omvatten:
1) standaard commandoregelargumenten gewijzigd in-Sc 140-go -9-ge -4-en 1 (geen energiefiltering));
2) limiet voor UTR-lengte verwijderd;
3) Overlapfiltering van voorspelde doellocaties aangescherpt; vereist overlap in zaadgebied om te filteren; en
4) Offsets gecorrigeerd in “score voor deze scan” uitvoerlijnen en-keyval output.
voorspelling van doellocaties door miRanda —
omdat de website-interface flexibelere filtering van voorspelde doellocaties mogelijk maakt, hebben de fabrikanten een drempelwaarde voor de uitlijningsscore van 120 gebruikt in plaats van de vorige drempelwaarde van 140.
standaard filtert de website-interface veel van deze sites met een lagere score uit, maar u hebt verschillende criteria die u kunt aanpassen om ze te bekijken.
scoren van voorspelde doellocaties met mirSVR —
Details van de mirsvr-scoringsmethode zijn te vinden in de paper: Uitgebreide modellering van microRNA targets voorspelt functionele niet-geconserveerde en niet-canonieke sites. Betel D, Koppal A, Agius P, Sander C, Leslie C., Genome Biology 2010 11: R90.
in het kort is mirSVR een ‘regressiemodel’ dat een gewogen som berekent van een aantal sequentie-en contextkenmerken van de voorspelde miRNA::mRNA-duplex. De eigenschappen zijn grofweg verdeeld in drie (3) types:
1) Duplex eigenschappen die basisparen aan het zaadgebied omvatten, en 3 ‘ einde van de miRNA;
2) Sequentiekenmerken waaronder a/U-samenstelling nabij de doelgebieden en toegankelijkheid van de secundaire structuur; en
3) globale kenmerken zoals lengte van de UTR, relatieve positie van het doelgebied in de UTR en instandhoudingsscore.
mirsvr downregulatiescores worden gekalibreerd om lineair te correleren met de mate van downregulatie en maken daarom nauwkeurige scores van genen met meerdere doelplaatsen mogelijk door eenvoudige toevoeging van de individuele doelscores.
bovendien kunnen de scores worden geïnterpreteerd als een empirische kans op downregulatie, die een zinvolle leidraad vormt voor het selecteren van een cut-off.
bovendien maakt de samengestelde benadering van miRanda-gegenereerde uitlijningen en mirSVR-scores de oordeelkundige voorspelling mogelijk van niet-canonieke sites (die met een mismatch of gu wiebelen in het zaadgebied) zonder het aantal valse voorspellingen te vergroten.
the August 2010 release of microRNA.org bevat alle doelplaatsvoorspellingen die ofwel een 6-mer of betere zaadplaats hebben, of een mirSVR score = -0,1.
MirSVR houdt rekening met behoud bij het berekenen van een score, dus er is niet langer een vooraf gedefinieerde cutoff voor het filteren van doellocaties.
gebruikers kunnen echter de interfaceweergave beperken met behoud als criterium. De bepaling van de instandhoudingsscore voor de voorspelde doelgebieden is nu gevoelig voor gebieden die zich over intron-kruispunten uitstrekken.
the August 2010 release of microRNA.org bevat:
1) 16,228,619 voorspelde microRNA-doelplaatsen in 34.911 verschillende 3 ‘ UTR van isovormen van 19.898 menselijke genen.
2) 7.459.149 voorspelde microRNA-doelplaatsen in 28.287 verschillende 3 ‘ UTR-en isovormen van 19.231 muizengenen.
3) 586.068 voorspelde microRNA-doelplaatsen in 6.865 verschillende 3 ‘ UTR-en isovormen van 6.256 rattengenen.
4) 345.671 voorspelde microRNA-doelplaatsen in 12.285 verschillende 3 ‘ UTR-en isovormen van 10.532 fruitvlieg-genen.
5) 230.901 voorspelde microRNA-doelplaatsen in 12.228 verschillende 3 ‘ UTR en isovormen van 10.124 nematodengenen.
6) doelplaatsen voor 1.100 menselijke microRNA ‘ s.
7) doelplaatsen voor 717 microRNA ‘ s bij muizen.
8) doelplaatsen voor 387 microRNA ‘ s bij ratten.
9) doelplaatsen voor 186 fruitvlieg microRNA ‘ s.
10) doelplaatsen voor 233 nematode microRNA ‘ s.
opmerking: de microRNA-doelvoorspellingen en expressiegegevens zijn beschikbaar als door tabs gescheiden bestanden. Zie het tabblad Downloads op de microRNA.org website.
systeemvereisten
neem contact op met de fabrikant.
fabrikant
- Computational Biology Center (cBio)
- Memorial Sloan Kettering Cancer Center
- York Avenue, Box # 460
- New York, NY 10065 USA
- Tel: +1 646 888 2602 of +1 646 888 2606
- Fax: +1 646 422 0717 1275
Fabrikant website microRNA.org website
prijs Contact fabrikant.
G6G Abstract nummer 20748
G6G fabrikantnummer 104331