voorafgaand aan de statehood organiseerden de Baptist congregaties in de buurt van Natchez zich in September 1807 in een vereniging in Bethel church op Bayou Sara, hoewel het jaar daarvoor in Salem church zes kerken met hetzelfde doel hadden vergaderd. De Mississippi Baptist Association nam “articles of faith & gospel order” aan, en publiceerde de daaropvolgende jaren hun proceedings met vele verwijzingen naar Thomas Mercer en David Cooper.Een tweede organisatie gevolgd door de titel van de overeenkomst. De eerste Mississippi Baptist Convention duurde slechts vijf jaar, van februari 1824, toen het voor het eerst ontmoette in Bogue Chitto Church in Pike County, tot 1829, na het ontmoeten van zoveel weerstand dat werd overeengekomen dat het worden ontbonden in 1828.
de tweede Conventie werd gevormd op 23 en 4 December 1836. De eerste president was Ashley Vaughan en de eerste overeenkomstige Sscretaris S. S. Lattimore. Lattimore was nog steeds de president in 1852. De overeenkomstige secretaris dat jaar was W. J. Denson, en de opname secretaris was J. T. Freman.In 1857 richtte de conventie een krant Op, the Mississippi Baptist, met J. T. Freeman als hoofdredacteur.In hetzelfde jaar sprak de conventie haar mening uit over de afschaffing van de slavernij en zei dat het een poging was om “de sociale, burgerlijke en religieuze privileges van de slavenbevolking af te schaffen”. Baptisten kerken in de staat waren het beoefenen van segregatie voor enkele jaren. De Conventie had gemeld in 1938 ” dat enkele van onze kerken, en een aantal van onze methodistische vrienden, het plan van het houden van afzonderlijke vergaderingen voor de zwarten hebben aangenomen; en dat een dergelijke cursus algemeen wordt bijgewoond met een toegenomen interesse onder hen”.Vrouwenverenigingen waren in het begin van de 19e eeuw een van de grootste financiële voorstanders van de conventie. In 1875 erkende de conventie officieel vrouwenorganisaties.