de drie tienerjongens werden beschuldigd van moord en samenzwering tot moord. Een rechter oordeelde dat ze als volwassenen berecht moesten worden. Ze werden zes maanden opgesloten als aanklagers bereid waren om hen te berechten. Echter, toen Treadway ’s proces op het punt stond te beginnen in januari 1999, werden drie druppels bloed van Stephanie’ s gevonden op een shirt van Tuite. Op basis van het nieuwe bewijs werden de aanklachten tegen de jongens zonder vooroordeel afgewezen (waardoor de aanklachten tegen de jongens op een later tijdstip opnieuw konden worden ingesteld).In verlegenheid gebracht door de omkering lieten de politie van Escondido en de Officier van Justitie van San Diego de zaak twee jaar lang wegkwijnen zonder aanklacht. In 2001 de Officier van Justitie en San Diego County Sheriff ‘ s Department gevraagd dat de zaak worden overgenomen door de California Department of Justice. In Mei 2002 beschuldigde de procureur-generaal Tuite van de moord op Stephanie. Het proces begon in februari 2004. Op de eerste dag van de juryselectie, liep Tuite weg uit de rechtszaal holding-tank tijdens de lunch uur na zich te bevrijden van handboeien; hij verliet het Gerechtsgebouw en stapte in een bus. Hij werd uren later gepakt. Tijdens het proces linkte de aanklager Tuite aan de moord op Stephanie door zowel indirect als fysiek bewijs te tonen, waaronder bewijs dat Stephanie ‘ s bloed op zijn kleren zat. Tuite ’s verdedigingsteam voerde aan dat de jongens Stephanie hadden vermoord, en dat Stephanie’ s bloed op Tuite ‘ s kleren was gevonden Als gevolg van besmetting veroorzaakt door onzorgvuldig politiewerk. Op 26 mei 2004 werd Tuite door de jury vrijgesproken van moord, maar hij werd veroordeeld voor vrijwillige doodslag. De jury vond ook dat hij een dodelijk wapen gebruikte, een mes. De rechtbank veroordeelde Tuite tot dertien jaar gevangenisstraf. Hij had vervolgens nog vier jaar toegevoegd aan de straf als gevolg van zijn vluchtpoging.De families van de drie jongens klaagden de steden Escondido en Oceanside aan. De Crowes bereikte een schikking van $7,25 miljoen in 2011. In 2012 maakte rechter Kenneth So van het Hooggerechtshof de zeldzame uitspraak dat Michael Crowe, Treadway en Houser feitelijk onschuldig waren aan de aanklachten, waardoor de strafzaak tegen hen definitief werd afgewezen.Tuite ging tegen zijn veroordeling in beroep bij het California Court of Appeal en stelde verschillende claims in, waaronder een claim dat zijn zesde amendement rechten werden geschonden omdat hij geen kruisverhoor kon krijgen van een getuige. Op 14 December 2006 bevestigde het Hof van Beroep in een lang, niet gepubliceerd advies. De rechtbank vond dat de rechter constitutionele fout had begaan bij het beperken van het kruisverhoor, maar vond de fout onschadelijk te zijn en bevestigde de veroordeling. Het hooggerechtshof van Californië weigerde de herziening. De federale rechtbank weigerde Tuite ‘ s petitie voor habeas corpus. Op 8 September 2011 stemde een panel van het U. S. Court of Appeals for the Ninth Circuit met 2-1 om Tuite ‘ s veroordeling voor doodslag ongedaan te maken. Het panel verklaarde in zijn advies: “gezien het gebrek aan bewijs dat Tuite aan de misdaad koppelt, de problemen met het DNA-bewijs, de impasse en het compromisoordeel van de jury, en het gewicht en de strategische positie van McCrary ’s getuigenis, is deze zaak een van die’ ongewone ‘omstandigheden waarin we onszelf’ in virtuele equipoise met betrekking tot de onschadelijkheid van de fout.”O’ Neil v. McAninch, 513 U. S. 432, 435 (1995). We moeten de fout behandelen als het beïnvloeden van het vonnis, en we zijn gedwongen om de dagvaarding toe te kennen.”Tuite V. Martel, no. 09-56267. Er werd opgemerkt dat tijdens het proces de aanklager geen sporenbewijs van het huis op de kleding of persoon van de verweerder kon overleggen, noch werd enig sporenbewijs van de persoon of kleding van de verweerder gevonden in het huis, feiten die het Hof van beroep aangehaald die hebben geleid tot de vaststelling van de rechtbank van gebrek aan bewijs.Tuite kreeg een nieuw proces, dat op 24 oktober 2013 begon. In het slotpleidooi vertelde zijn advocaat, Brad Patton, juryleden dat Tuite nooit in het Crowe huis was geweest, en niet in staat zou zijn geweest om Stephanie ‘ s slaapkamer in het donkere huis te vinden. Bovendien vonden de onderzoekers zijn vingerafdrukken of DNA niet in de woning. Patton zei dat Stephanie onder een dekbed gehouden moet zijn om haar stil te houden, terwijl iemand anders haar neerstak. Hij zei ook dat experts getuigden dat de bloedvlekken op Tuite ‘ s shirts er niet waren toen die shirts oorspronkelijk werden geëvalueerd, en dat ze er kwamen door besmetting tijdens de plaats delict analyse. De aanklager, adjunct-procureur-generaal Alana Butler, zei tijdens haar slotpleidooi dat Tuite in het gebied van het Huis van Crowe was de avond dat Stephanie werd vermoord. Hij klopte op deuren en zocht een vrouw genaamd Tracy, op wie hij boos was omdat ze hem een paar jaar eerder had afgewezen. Hij was “geobsedeerd en waanvoorstellingen”. Butler zei dat Tuite rond 22.00 uur door een open deur het Huis van Crowe binnenliep. Toen hij eenmaal in het huis was, kon ze niet precies vertellen wat er gebeurd was, maar hij ging Stephanie ‘ s slaapkamer in en stak haar minstens negen keer, en haar bloed werd gevonden op twee shirts die hij droeg toen hij de volgende dag contact opnam door de politie.Op 5 December 2013 werd de jury veroordeeld tot niet schuldig. Daarna zei een jurylid dat er geen bewijs was dat Tuite die avond in het Huis van Crowe was, en dat de juryleden bezorgd waren dat het bloed van het slachtoffer op zijn shirts kwam door besmetting, dus keken ze goed naar die mogelijkheid.