de moskee is vernoemd naar Omar (Oemar) ibn Al-Khattab (ca. 581-644), de tweede kalief van Rashidun. Nadat hij Jeruzalem had veroverd, reisde Omar in 637 naar Bethlehem om een wet uit te vaardigen die respect voor het heiligdom en veiligheid voor christenen en geestelijken zou garanderen. Slechts vier jaar na de dood van de islamitische profeet Mohammed bad Omar naar verluidt op de locatie van de moskee.Yaqut al-Hamawi (d. 1229) vertelt hoe kalief Omar werd geadviseerd door een christelijke monnik om een moskee te bouwen in een arcade gebouw of haniyya, in plaats van de Kerk van de geboorte te transformeren in een moskee. Yaqut plaatst de haniyya op een plek waar de bijbelse koningen David en Salomo werden verondersteld te zijn begraven. In het begin van de 10e eeuw beschrijft Eutychius van Alexandrië (877-940) de haniyya als geplaatst binnen een christelijke site, gericht op het zuiden en dus geschikt voor moslim gebed (qibla), en noemt Omar als het toestaan van moslims om te bidden in de haniyya slechts een voor een tijd; en hen te verbieden om daar iets aan te raken, evenals om te roepen tot of gemeentelijk gebed binnen te voeren. Eutychius klaagde dat in zijn tijd, het begin van de 10e eeuw, Moslims deze drie regels hadden overtreden. De evolutie van de status van deze plaats van gebed lijkt te zijn geweest van een arcade ruimte verbonden aan een christelijk gebouw, waar in eerste instantie moslims hadden slechts beperkte rechten voor het uitvoeren van gebeden, naar een gemeente moskee vanaf het begin van de tiende eeuw.De exacte locatie van de haniyya is niet duidelijk, maar de plaats die in de late oudheid werd beschouwd als de begraafplaats van David en Salomo werd door de pelgrim van Bordeaux (330) beschreven als niet ver van de Basiliek van de geboorte, en door de pelgrim van Piacenza (570) als een halve Romeinse mijl van het stadscentrum.Moderne moskee op nieuwe locatie (1860)Edit
de huidige moskee werd gebouwd in 1860 het werd gebouwd in 1860 op een perceel gegeven voor het doel door de Grieks-Orthodoxe Kerk, en werd gerenoveerd in 1955, tijdens de Jordaanse controle van de stad. Het land dat werd gebruikt voor de bouw werd geschonken door de Grieks-Orthodoxe Kerk van Jeruzalem. In het verleden, voor de komst van gloeilampen, was het gebruikelijk voor moslims en Christenen in Bethlehem om olijfolie aan te bieden om de omgeving van de moskee te verlichten, bewijs van religieuze coëxistentie in de stad.Op 20 februari 2006 annuleerde de Dalai Lama zijn bezoek aan de moskee onder andere onder druk van de Chinese regering. De Palestijnse Autoriteit had om annulering verzocht. Een ambtenaar van het ministerie van Buitenlandse Zaken, Majdi al-Khaldi, vertelde verslaggevers,
op verzoek van de Chinese regering hebben we hem niet ontvangen of behandeld gezien zijn separatistische ambities voor Tibet…. Gezien onze vriendschappelijke betrekkingen met de Chinese regering, die het Palestijnse volk steunt, hebben we de lokale (Bethlehem) autoriteiten en maatschappelijke groeperingen gevraagd hem niet te ontvangen en zij hebben ons verzoek ingewilligd.In februari 2007 arresteerde de Israëlische veiligheidsdienst Shin Bet 20 mannen die naar verluidt waren gerekruteerd voor een “met Hamas verbonden cel” door een Moslim geestelijke in de moskee van Omar. Toch bleef de moskee vreedzaam toen de Palestijnse President Mahmoud Abbas op kerstavond 2007 op bezoek kwam.