stam-lussen komen voor in pre-microRNA structuren en het meest bekend in transfer RNA, die drie echte stam-lussen en een stengel bevatten die samenkomen in een klaverbladpatroon. Het anticodon dat een codon herkent tijdens het vertaalproces bevindt zich op een van de ongepaarde lussen in de tRNA. Twee geneste stam-lijnstructuren komen in pseudoknots van RNA voor, waar de lijn van één structuur deel van de tweede stam uitmaakt.
veel ribozymes hebben ook stem-loopstructuren. De zelf-cleaving hammerhead ribozyme bevat drie stam-loops die in een centraal unpaired gebied ontmoeten waar de splitsingsplaats ligt. De basis secundaire structuur van hammerhead ribozyme wordt vereist voor zelf-splitsing activiteit.
Haarspeldlussen zijn vaak elementen die worden gevonden binnen de 5 ‘ UTR van prokaryoten. Deze structuren worden vaak gebonden door proteã nen of veroorzaken de verzwakking van een transcript om vertaling te regelen.
de vorming van de mRNA-stamlusstructuur op de bindingsplaats van het ribosoom kan een aanvang van de vertaling controleren.
Stem-loopstructuren zijn ook belangrijk bij prokaryotische rho-onafhankelijke transcriptiebeëindiging. De haarspeldlijn vormt in een mRNA bundel tijdens transcriptie en veroorzaakt de polymerase van RNA om van de malplaatje bundel van DNA te worden gescheiden. Dit proces staat bekend als rho-onafhankelijke of intrinsieke beëindiging, en de betrokken opeenvolgingen worden genoemd terminatoropvolgingen.