in het bijbelse verslag, na de voltooiing van de verovering van Kanaän door de Israëlieten, verdeelde Jozua het land onder de twaalf stammen. Kenneth Kitchen, een bekende Bijbelse archeoloog, dateert deze gebeurtenis tot iets na 1200 v. Chr., terwijl andere geleerden betwisten de historiciteit van het boek Jozua.
Naftali vestigde de oostelijke zijde van Galilea (direct ten westen van het Meer van Galilea), in de gebieden die nu bekend staan als het onder-Galilea en boven-Galilea, in het westen begrensd door Asher, in het noorden door Dan, in het zuiden door Zebulon en in het oosten door de Jordaan. De belangrijkste stad was Hazor.
grenzend aan het Meer van Galilea, was er de zeer vruchtbare vlakte van Gennesaret, gekenmerkt door Josephus als de ambitie van de natuur, een aards paradijs, en met het zuidelijke deel van de regio als een natuurlijke pas tussen de hooglanden van Kanaän, liepen er verschillende belangrijke wegen (zoals die van Damascus naar Tyrus en Acre) doorheen. De welvaart die deze situatie gebracht is schijnbaar geprofeteerd in de zegen van Mozes, hoewel tekstuele geleerden zien dit als een postdictie, dating het gedicht tot goed nadat de stam was gevestigd in het land.Vanaf de verovering van het land door Jozua tot de vorming van het eerste koninkrijk Israël in 1050 v. Chr.was de stam van Naftali onderdeel van een losse confederatie van Israëlieten. Er bestond geen centrale regering, en in tijden van crisis werden de mensen geleid door ad hoc leiders die bekend staan als rechters (zie het boek rechters). Met de groei van de dreiging van Filistijnse invallen, besloten de Israëlieten om een sterke gecentraliseerde monarchie te vormen om de uitdaging aan te gaan, en de stam van Naftali sloot zich aan bij het nieuwe koninkrijk met Saul als de eerste koning. Na de dood van Saul bleven alle andere stammen dan Juda trouw aan het Huis van Saul; maar na de dood van Isboseth, Sauls zoon en opvolger van de troon van Israël, sloot de stam van Nafthali zich aan bij de andere stammen uit het noorden van Israël om David, die toen koning van Juda was, koning te maken van een verenigd koninkrijk van Israël. Echter, na de troonsbestijging van Rehabeam, Davids kleinzoon, in ca.930 v. Chr. splitsten de noordelijke stammen zich af van het Huis van David om een Koninkrijk van Israël te hervormen als het noordelijke koninkrijk.
in c. In 732 v.Chr. bedreigde Pekah met Rezin, koning van Aram, Jeruzalem, en Achaz, koning van Juda, deed een beroep op Tiglath-Pileser III, koning van Assyrië, om hulp. Nadat Achaz aan Tiglath-Pileser schatting had betaald (2 Koningen 16:7-9), plunderde Tiglath-Pileser Damascus en Israël, en annexeerde Aram en een groot deel van Israël, “inclusief het hele land van Nafthali.”Volgens 2 Koningen 16: 9 en 15: 29 werd de bevolking van Aram en het geannexeerde deel van Israël gedeporteerd naar Assyrië. Het koninkrijk Israël bleef bestaan tot rond 723 v. Chr., toen het opnieuw werd binnengevallen door Assyrië en de rest van de bevolking gedeporteerd.Vanaf die tijd werd de stam van Naftali gerekend tot de tien verloren stammen van Israël. Psalmen 1: 24