AdvantagesEdit
toen TopHat voor het eerst uitkwam, was het sneller dan eerdere systemen. Het bracht meer dan 2,2 miljoen reads per CPU-uur in kaart. Die snelheid stond de gebruiker toe om en volledig RNA-Seq experiment in minder dan een dag, zelfs op een standaard desktopcomputer te verwerken. Tophat gebruikt Bowtie in het begin om de reads te analyseren, maar doet dan meer om de reads te analyseren die exon-exon juncties overspannen. Als u TopHat voor RNA-Seq gegevens gebruikt, zult u meer gelezen tegen het verwijzingsgenoom worden uitgelijnd.
een ander voordeel voor TopHat is dat het niet hoeft te vertrouwen op bekende splitsingsplaatsen bij het uitlijnen van reads met een referentiegenoom.
Subvoordagesedit
TopHat bevindt zich in een onderhoudsarme, lage ondersteuningsfase en bevat software bugs die software van derden hebben voortgebracht om te corrigeren. Het is vervangen door HISAT2, die efficiënter en accurater is en de zelfde kernfunctionaliteit (verbonden groepering van RNA-Seq leest) verstrekt.
nieuwere protocollen zijn nu efficiënter, vergeleken met TopHat zoals manchetknopen, STAR en limma.
