powrót Aguinaldo i zdobycie Manili
4 maja Dewey wysłał telegram, który został odebrany w Waszyngtonie 7 maja: „kontroluję zatokę całkowicie i mogę przejąć miasto w każdej chwili, ale nie mam wystarczającej liczby ludzi do utrzymania.”Krążownik USS Charleston i parowiec USS Peking, z amunicją, zaopatrzeniem i oddziałami, miały być natychmiast wysłane do Manili. Generał Dywizji Wesley Merritt, który otrzymał dowództwo nad operacją naziemną, początkowo zażądał siły około 14 000 ludzi, ale później zwiększył ją do 20 000. 25 maja Generał Brygady T. M. Anderson i 2491 żołnierzy amerykańskich pod jego dowództwem wypłynęli w trzech transportach z San Francisco i dołączyli do konwoju z USS Charleston pod Honolulu.
podczas gdy Amerykanie masowali swoje siły, Filipiński przywódca ruchu oporu Emilio Aguinaldo ogłosił wznowienie walki z Hiszpanią. Aguinaldo żył na przymusowym wygnaniu w ramach porozumienia z władzami hiszpańskimi, ale zwrócił się do Amerykanów i zaoferował pomoc w ich kampanii wojskowej. Przetransportowany z Hongkongu przez amerykański statek, Aguinaldo wylądował w Cavite 19 maja, zebrał swoich zwolenników i szybko przystąpił do zdobywania kilku miast na południe od Manili. 12 czerwca ogłosił niepodległość Filipin i został ogłoszony prezydentem Republiki filipińskiej. Działania Aguinaldo nie zostały usankcjonowane przez Amerykanów, ale niewiele mogli zrobić, aby spowolnić jego postępy. Na czele sporej Armii Powstańczej Aguinaldo rozpoczął bliskie oblężenie Manili.
20 czerwca konwój USS Charleston zatrzymał się na wyspie shell i zajął wyspę Guam, a 30 czerwca dotarł do Zatoki Manili. Drugi oddział, 3586 żołnierzy pod dowództwem generała brygady F. V. Greene ’ a, przybył 17 lipca, a Merritt, który został mianowany gubernatorem generalnym, dotarł do Zatoki Manili 25 lipca. 31 lipca przybyło jeszcze pięć transportów, w których przewoziło 4847 ludzi, przynosząc do Manili prawie 11 000 żołnierzy, z czego 5000 było w drodze. Merritt natychmiast przesunął swoje siły z Cavite i umocnił się w odległości 1000 jardów (914 metrów) od hiszpańskiej pozycji pod Manilą. W nocy 31 lipca Hiszpanie poddali linie Amerykańskie intensywnemu ostrzałowi artyleryjskiemu, zabijając 10 i raniąc 43.
przez kilka następnych nocy ostrzał był częsty z linii hiszpańskich. 7 sierpnia wspólny list od Deweya i Merritta został wysłany do hiszpańskiego gubernatora Fermína Jáudenesa, dając mu 48 godzin na ewakuację z Manili. Jáudenes odpowiedział, że jest otoczony przez armię Aguinaldo i że nie ma miejsca schronienia dla chorych, dla kobiet i dzieci. Druga wspólna notatka z żądaniem kapitulacji została odrzucona przez hiszpańskiego dowódcę, który zaproponował skierowanie jej do Madrytu. Odmówiono tego i poczyniono przygotowania do ataku.
w fortyfikacjach miasta znajdowało się 13 000 hiszpańskich żołnierzy, ale z flotą Deweya kontrolującą zatokę i z oblężonymi siłami Amerykanów i powstańców na lądzie opór był beznadziejny. Gdy 13 sierpnia dokonano połączonego ataku lądowego i morskiego, nie było wielkiego oporu, a biała flaga została podniesiona o 11:00, mniej więcej półtorej godziny po otwarciu ognia floty. Następnego dnia podpisano formalną kapitulację.