Eugene Science Center zostało założone w 1961 roku jako Southwest Oregon Museum of Science and Industry (SWOMSI). SWOMSI otrzymało wstępne wsparcie od swojej macierzystej organizacji, Oregon Museum of Science and Industry (OMSI) w Portland, ale wkrótce potem stało się niezależnym muzeum z radą dyrektorów złożoną głównie z lokalnych edukatorów.
SWOMSI najpierw zajęli stację kolejową Oregon Electric, obecnie restaurację Oregon Electric Station, znajdującą się przy 5th Avenue i Willamette Street. Podczas swoich wczesnych lat na stacji kolejowej Oregon Electric, SWOMSI oferował eksponaty i lekcje oraz prowadził pokazy planetarium w Spitz Planetarium, placówce zarządzanej przez OMSI.
w 1973 roku, uznając, że stacja kolejowa jest niewystarczająca, a Planetarium Spitz zbliża się do końca jego użytkowania, Zarząd SWOMSI zwrócił się do komisarzy Lane County, aby poprosić o miejsce w nowo utworzonym Alton Baker Park. Po przerwie od OMSI, SWOMSI stał się Willamette Science and Technology Center (WISTEC). Główne fundusze na budowę nowego muzeum zostały pozyskane przez Economic Development Administration, a każdy z członków konsorcjum (Lane Community College, Lane Education Service District, University of Oregon i WISTEC)wniósł znaczący wkład w projekt, finansowo i rzeczowo. W tym czasie Stacja kolejowa Oregon Electric została sprzedana, a 50 000 dolarów z funduszy WISTEC zostało przeznaczonych na budowę obecnego budynku w Alton Baker Park.
w latach 1978-79 wybudowano budynek WISTEC i nowe planetarium. Kiedy miasto Eugene przejęło kontrolę nad większością Alton Baker Park w połowie lat 80., przejęło również własność budynku WISTEC. WISTEC został otwarty w obecnej lokalizacji w 1980 roku. Planetarium było wówczas funkcjonalnie i finansowo oddzielone od Muzeum. Planetarium ostatecznie stało się wyłączną odpowiedzialnością Lane Education Service District i zostało zamknięte w grudniu 2002 roku, po kryzysie finansowym. W styczniu 2002 roku WISTEC zmienił nazwę na Science Factory, a wraz z przeniesieniem planetarium na własność Science Factory w 2003 roku stało się Planetarium Science Factory Children ’ s Museum &. Nazwa powróciła do Science Factory w 2016 roku, a następnie formalnie zmieniła się na Eugene Science Center w styczniu 2018 roku.