Venustiano Carranza nie podejmował zbyt wielu działań w celu egzekwowania antyklerykalnych artykułów, jednak podczas administracji Álvaro Obregóna wrogość między rządem a hierarchią kościelną znacznie wzrosła. Obregón wygnał z kraju hiszpańskich księży, a także nuncjusza papieskiego, Monsignora Ernesto Filippi. Ale to Plutarco Elías Calles, następca Obregóna w 1924 roku, przejął głowę Kościoła, wprowadzając ostrą antyklerykalną ideologię na urząd prezydenta. Ostro zareagował na sprzeciw hierarchii kościelnej, szczególnie na publiczne oświadczenia arcybiskupa José Mora y del Rio potępiające antyklerykalne artykuły konstytucji. Calles zamknął kościoły i klasztory oraz deportował dwustu zagranicznych księży. Kazał nawet aresztować biskupa, sądzić go i skazać za publiczne sprzeciwianie się prawom kraju. I wprowadził nowy kodeks karny, który ustalał kary od jednego do pięciu lat dla księży i duchownych, którzy krytykowali prawo, władze lub rząd. (Camín &)87) szybko powstały grupy oddolne, aby zaprotestować przeciwko tym działaniom. Były to: Asociación Católica de la Juventud Mexicana (ACJM), Unión Popular (UP) I Liga Nacional Defensora de La Libertad Religiosa (La Liga). Oburzeni biskupi pojawili się przed Kongresem z prośbą o uchylenie praw, ale bez skutku.
25 lipca 1926 roku Episkopat Meksyku podjął decyzję o zawieszeniu kultu publicznego. Od tego dnia kapłani nie udzielali żadnego z sakramentów, mając nadzieję na wzbudzenie społecznego poparcia dla Kościoła i przeciwko wezwaniom. (2010) 211) ” odmowa usług religijnych wywołała głęboki kryzys wśród pobożnych katolików.”(González, str. 211) gdy jednak doszło do buntu, wysokie duchowieństwo nie zapewniło politycznego kierunku ruchowi, a Watykan był jeszcze bardziej ostrożny, obawiając się represji religijnych, jakie widzieli podczas rewolucji francuskiej i bolszewickiej. Wielu księży szukało schronienia w domach bogatych katolików w ośrodkach miejskich lub po prostu opuściło kraj. Przywództwo pozostawiono ruchom ludowym, zwłaszcza la Liga. Bunty, prowadzone przez żołnierzy Chrystusa lub Cristeros, miały miejsce głównie w centralnych i zachodnich regionach kraju: Michoacán, Jalisco, Guanajuato y Colima, gdzie kościół był silnie zakorzeniony od czasów kolonialnych.
z powodu braku wyszkolenia wojskowego i zaopatrzenia polegali głównie na taktyce partyzanckiej, która utrudniała Armii Krajowej ich pokonanie. W lipcu 1927 roku la Liga zwerbowała byłego generała Huertisty, Enrique Gorostietę, aby koordynował ich wysiłki. Niekoniecznie był człowiekiem religijnym, raczej reprezentował siły konserwatywne pozbawione praw wyborczych przez rewolucję. Opublikował manifest, w którym domagał się ” sprawiedliwej reformy ziemskiej z odszkodowaniem dla hacendados, a także uchylenia ustaw reformujących, które pozbawiły Kościół jego sądów specjalnych i hacjend.”(González, str. 215) ponieważ Calles nie był w stanie stłumić tego buntu, zwrócił się później do ludzi, którzy skorzystali z „reformy rolnej” rewolucji i poprosił o ich wsparcie. Chociaż redystrybucja ziemi zawsze była głównym celem rewolucji, ziemia nadal była skoncentrowana w rękach kilku potężnych ” agrarnych watażków.”Ci watażkowie zostali poproszeni o podniesienie batalionów „agraristas”, aby wspomóc wojska federalne w walce z Cristeros.
w 1928 ambasador USA, Dwight Morrow służył jako mediator między Watykanem, meksykańską hierarchią katolicką i rządem Callesa, podczas rozmów o pokojowym rozwiązaniu problemu Cristero. Plany te zostały jednak wstrzymane, gdy jeszcze w tym samym roku prezydent elekt Alvaro Obregón został zamordowany przez gorliwego młodego katolika o imieniu José de León Toral. Calles mianował wówczas don Emilio Portesa Gila tymczasowym prezydentem, który miał podjąć się zorganizowania nowych wyborów. Podczas prezydentury Portes Gil ambasador Morrow wznowił negocjacje pokojowe, a w czerwcu 1929 roku doszło do Porozumienia między Portes Gil a arcybiskupem Leopoldo Ruiz y Flores, co ostatecznie zakończyło wojnę Cristero. Według historyka Michaela Gonzalesa był to słodko-gorzki kompromis, w którym bardzo niewiele zostało naprawdę rozwiązanych. Pomimo dziesiątek tysięcy istnień ludzkich, które zostały utracone podczas wojny, nic fundamentalnego nie zmieniło się politycznie. Ustawy antyklerykalne pozostały w konstytucji, ale rząd nie egzekwował ich ” w sposób wrogi Kościołowi.”W nadchodzących latach rząd federalny będzie w coraz większym stopniu ustanawiał swoją hegemonię nad Kościołem Katolickim, jednak kler będzie nadal opierać się, w miarę możliwości, próbom rządu w zakresie reform edukacyjnych i religijnych. Gonzales zauważa, że” krwawy impas”, w którym zakończyła się wojna, nadal nie rozwiązał konfliktów między tradycyjną kulturą meksykańską, silnie zakorzenioną w katolicyzmie, a celami reformy społecznej rewolucyjnego rządu. (Gonzales, PP. 218-219)
— napisany przez Elizabeth Garcia i Mike McKinley, maj 2004