BetisEdit
Joaquín urodził się w El Puerto de Santa María w prowincji Kadyks. W latach 1999-2000 rozpoczął karierę seniorską, regularnie występując w Realu Betis B (po dwóch latach spędzonych w szeregach młodzieżowych), który ostatecznie spadł z trzeciej ligi; w następnym sezonie przeniósł się do pierwszej drużyny, debiutując 3 września 2000 roku i mając natychmiastowy wpływ – 38 meczów i trzy gole – gdy Andaluzjanie powrócili do La Liga po roku przerwy.
następnie Joaquín zebrał ponad 200 oficjalnych występów dla Betisa w ciągu następnych pięciu lat, asystując i punktując. W latach 2004-2005 wystąpił we wszystkich meczach, strzelając pięć bramek, a w Copa del Rey dołożył trzy bramki: w tym ostatnim, w finale rozegranym na stadionie Vicente Calderón 11 czerwca 2005 roku, zagrał pełne 90 minut plus dogrywka, ponieważ Betis wygrał 2-1 z CA Osasuna.
w następnym sezonie UEFA Champions League, Joaquín wystąpił we wszystkich sześciu meczach fazy grupowej dla Betis, w tym triumfie 1-0 nad Chelsea i remisie 0-0 z Liverpoolem, na Anfield (trzecie miejsce, „degradacja”Pucharu UEFA).
pod koniec lipca 2006 roku, po rozmowie z Joaquínem, Prezes Betisu José León oświadczył, że piłkarz przekonał go, że zostanie w klubie jeszcze przez rok. – Bardzo mnie to zaskoczyło-przyznał. „Przyszedłem go przekonać, a wręcz przeciwnie, on mnie przekonał” – dodał. W połowie sierpnia zawodnik wywołał szok w klubie, deklarując na konferencji prasowej zamiar odejścia.
Walencjaedytuj
Joaquín gra dla Valencii w 2010
Joaquín miał na początku sierpnia 2006 roku przenieść się do Valencii CF za 18 milionów euro, w ramach transakcji zamiany, w której znalazł się również Mario Regueiro. Pojawiły się jednak pewne trudności w płatności, wraz z naciskiem Urugwajczyka na pozostanie w Valencii, co opóźniło transfer.
Joaquín został wypożyczony do Albacete Balompié za karę przez właściciela Betisu, Manuela Ruiza de Lopera, ze względu na to, że gracz pobierał pewien procent opłaty za transfer. Lopera użył klauzuli w swoim kontrakcie, zgodnie z którą mógł zostać wypożyczony do dowolnego klubu, jeśli zdecyduje o tym Betis (Joaquín podróżował do obiektów swojego nowego klubu własnym transportem i, aby udowodnić, że to zrobił, sfotografował się przez agentów pracujących w pobliżu. Przełącznik został następnie anulowany).
Joaquín oficjalnie przeniósł się do Valencii pod koniec sierpnia 2006 roku za 25 milionów euro, co czyni go najdroższym klubem do tej pory, ponieważ zawodnik podpisał pięcioletni kontrakt z wyborem przedłużenia o kolejny rok. W pierwszym roku rozegrał 35 meczów i strzelił pięć bramek, a Che awansowało do rundy kwalifikacyjnej Ligi Mistrzów.
w latach 2009-2010 Joaquín zaczął zmagać się z ostrą konkurencją o miejsce startowe, w której zmierzył się z młodszym Pablo Hernándezem; w trakcie kampanii – Valencia grała również w Lidze Europy UEFA-obaj zawodnicy otrzymali mniej więcej taką samą liczbę minut i zdobyli podobną sumę bramek.
wraz z odejściem Davida Villi do FC Barcelona, Joaquín otrzymał koszulkę nr 7 na sezon 2010-11. Po pierwszej rundzie był liderem klasyfikacji punktowej, dwukrotnie remisując w wygranym 3: 1 meczu z Málaga CF. 12 lutego 2011 zdobył kolejną bramkę, pomagając Valencii wyjść zza pleców w wygranym 2: 1 spotkaniu z Atlético Madryt, ostatecznie zajmując trzecie miejsce i kwalifikując się do Ligi Mistrzów.
Malagaedytuj
Joaquín w akcji przeciwko Levante w 2011
24 czerwca 2011 roku Joaquín odszedł z Valencii i podpisał kontrakt z Málagą na trzy lata, za opłatą w wysokości 4 milionów euro. Zadebiutował w klubie 28 sierpnia w przegranym 1: 2 wyjazdowym meczu z Sevilla FC, a także otworzył swoje konto punktowe dwukrotnie w kolejnych lokalnych derbach, wygranym 4: 0 u siebie z Granada CF.
w dwóch meczach u siebie w październiku 2012 roku Joaquín zdobył bramkę, dzięki której Málaga wygrała finał, w obu przypadkach po tym, jak nie trafił karnego: wystąpił przeciwko Realowi Valladolid (2-1), a następnie wyrównał tylko mecz z A. C. Milan w fazie grupowej Ligi Mistrzów.
FiorentinaEdit
13 czerwca 2013 roku, w wieku prawie 32 lat, Joaquín wyjechał po raz pierwszy za granicę, zgadzając się na trzyletnią umowę z włoskim ACF Fiorentina. W nowym zespole zadebiutował 29 sierpnia w przegranym 0: 1 domowym meczu z Grasshopper Club Zürich w rundzie play-off Ligi Europejskiej.
pierwszego gola dla violi zdobył 20 października 2013 roku w wygranym 4: 2 domowym meczu z Juventusem FC, a jego drugi sezon ligowy był jedynym w wygranym spotkaniu z S. S. C. Napoli 23 marca. W 2010 roku został wybrany do finału Pucharu Coppa Italia, w którym przegrał 2: 0 z A. C. ChievoVerona w ostatniej szesnastce.
powrót do Betisu
31 sierpnia 2015 roku Joaquín powrócił do Betisu, podpisując trzyletni kontrakt. W 2017 roku zdobył 2% udziałów w swoim pierwszym klubie.
15 września 2019 roku Joaquín znalazł siatkę w zremisowanym 1: 1 meczu z Getafe CF, co oznaczało jego 400.występ w barwach zielono-białych. 8 grudnia zdobył 18-minutowego hat-tricka (pierwszego w swojej długiej karierze) w wygranym 3-2 meczu z Athletic Bilbao, stając się najstarszym zawodnikiem w historii, który osiągnął wyczyn w La Liga w wieku 38 lat i 140 dni, bijąc poprzedni rekord 37 lat ustanowiony przez Alfredo Di Stéfano w 1964 roku. Pod koniec roku zgodził się na przedłużenie do 2021 roku.
16 lipca 2020 roku, w przegranym 2: 1 domowym spotkaniu z Deportivo Alavés, Joaquín zaliczył 551. występ w Hiszpańskiej najwyższej klasie rozgrywkowej, tym samym wyprzedzając Raúla jako gracza z największą liczbą meczów w rozgrywkach. Wyprzedził go jedynie bramkarz Andoni Zubizarreta, na 622.