była odpowiedzialna za organizację konferencji studenckiej na Uniwersytecie Fisk w Nashville w stanie Tennessee. Na konferencji Cleaver spotkał się z ministrem informacji partii Czarnej Pantery, Eldridge Cleaver, który przemawiał na konferencji. Właśnie wyszedł z więzienia i wydał „Soul on Ice”. Przeprowadziła się do San Francisco w listopadzie 1967 roku, aby dołączyć do partii Czarnej Pantery, a zaledwie półtora miesiąca później, tuż po Świętach Bożego Narodzenia, Eldridge i Kathleen pobrali się. Dołączyła około trzech do czterech tygodni po tym, jak Huey Newton został oskarżony o zabicie policjanta z Oakland w strzelaninie. To właśnie w San Francisco Kathleen została sekretarzem ds. komunikacji partii i pracowała nad organizowaniem demonstracji, tworzeniem broszur, organizowaniem konferencji prasowych, projektowaniem plakatów i przemawianiem na wiecach i w telewizji. Cleaver zastosowała wszystko, czego nauczyła się od SNCC do partii Czarnej Pantery. Sama stworzyła to stanowisko, motywowane przez Juliana Bonda w SNCC. Pomimo faktu, że ponad dwie trzecie członków Czarnych Panter to kobiety, Cleaver była jedną z niewielu, które zajmowały wyższe stanowiska w partii. Cleaver została sekretarzem ds. komunikacji i pierwszą kobietą-członkiem organu decyzyjnego partii. Pełniła również funkcję rzecznika prasowego i rzecznika prasowego. W szczególności zorganizowała krajową kampanię mającą na celu uwolnienie ministra obrony partii, Huey ’ a Newtona, który został uwięziony. Kathleen Neal Cleaver była wśród niewielkiej grupy kobiet, które były prominentne w partii Czarnej Pantery, do której należeli Elaine Brown i Ericka Huggins.
pierwszy poważny atak na Partię Czarnej Pantery miał miejsce w latach 60. przez pierwszy w historii oddział SWAT Z Los Angeles. W ciągu kilku lat w 1971 roku zginęło prawie 30 członków partii czarna pantera. Cleaver miała trudności z uzdrowieniem po śmierci tak wielu jej kolegów i była emocjonalnie zraniona. To, co pomogło jej najbardziej, to sięgnięcie do korzeni tego wszystkiego, czyli znalezienie skąd wziął się niepokój i trauma. W miarę upływu czasu, była grupa kobiet z Partii Czarnej Pantery, w tym Cleaver, która spotykała się i dyskutowała o tym, co się z nimi stało, przywracała im zdrowie i aby wyzdrowieć po urazach i traumatycznych doświadczeniach, z którymi borykały się w 1968 roku (w tym samym roku jej mąż kandydował na prezydenta na bilecie pokoju i wolności), kandydowała w 18.okręgu zgromadzenia Stanowego Kalifornii, również jako kandydatka Partii pokoju i wolności. Cleaver otrzymał 2778 głosów na 4,7% wszystkich głosów, kończąc na trzecim miejscu w wyścigu czterech kandydatów.
w wyniku ich zaangażowania w partię Czarnej Pantery, tasaki były często celem policyjnych dochodzeń. Mieszkanie Cleavers zostało napadnięte w 1968 roku przed Rajdem Panther przez oddział Taktyczny San Francisco pod zarzutem ukrywania broni i amunicji. Później tego samego roku Eldridge Cleaver zorganizował celową zasadzkę na policjantów z Oakland, podczas której dwóch policjantów zostało rannych. Cleaver został ranny, a członek Black Panther Bobby Hutton zginął w strzelaninie po pierwszej wymianie strzałów. Oskarżony o usiłowanie zabójstwa, uciekł za kaucją na Kubę, a później udał się do Algierii.
kiedy Cleaver wrócił do Stanów Zjednoczonych, stwierdził, że strzelanina była celową zasadzką na policję. Ten sam autor, który przekazał wiadomość o tym twierdzeniu, wątpił w jego prawdziwość, ponieważ było to w kontekście nietypowego przemówienia, w którym Cleaver stwierdził „potrzebujemy policji jako bohaterów” i powiedział, że potępił cywilne komisje kontroli policyjnych strzelanin z tego powodu, że „jest to gumowy znaczek do morderstwa.”Autor spekuluje, że mogło to być opłacalne dla systemu sprawiedliwości Hrabstwa Alameda, którego sędzia zaledwie kilka dni wcześniej dał Eldridge Cleaver w zawieszeniu zamiast więzienia; Cleaver został skazany na prace społeczne po tym, jak został oskarżony o trzy zarzuty napaści przeciwko trzem policjantom z Oakland. Dokument PBS A Huey Newton Story stwierdza, że ” Bobby Hutton został zastrzelony ponad dwanaście razy po tym, jak już się poddał i rozebrał się do bielizny, aby udowodnić, że nie był uzbrojony.”Podczas pobytu Kathleen Cleaver w partii Czarnej Pantery pomagała karmić ludzi, zapewniała opiekę medyczną rodzinom i zabierała rodziny do odwiedzenia bliskich w więzieniu. „Pomagała też organizować rekolekcje dla kobiet, które były w partii Czarnej Pantery, kobiet, które żyły pod ziemią, które były torturowane, które były wygnane”