wczesny okres muzułmański; lokalizacja
meczet został nazwany na cześć Omara (Umara) ibn al-Khattaba (ok. 581-644), drugiego Kalifa Raszidunów. Po zdobyciu Jerozolimy, Omar udał się do Betlejem w 637 roku n. e., aby wydać prawo, które zagwarantowałoby szacunek dla sanktuarium i bezpieczeństwo dla chrześcijan i duchowieństwa. Zaledwie cztery lata po śmierci islamskiego proroka Mahometa Omar rzekomo modlił się w miejscu meczetu.
Yaqut al-Hamawi (d. 1229) opowiada, jak Kalif Omar został zalecony przez Chrześcijańskiego mnicha, aby zbudować Meczet w arkadowym budynku lub haniji, zamiast przekształcić Kościół Narodzenia w meczet. Yaqut umieszcza haniyyę w miejscu, gdzie prawdopodobnie pochowano biblijnych królów Dawida I Salomona. Na początku X wieku Eutychiusz z Aleksandrii (877-940) opisuje hanijję jako umieszczoną w chrześcijańskim miejscu, zwróconą na południe, a tym samym odpowiednią do modlitwy muzułmańskiej (qibla), i wspomina Omara jako pozwalającego muzułmanom modlić się w hanijji tylko pojedynczo; i zabraniając im dotykać czegokolwiek tam, a także wzywać lub prowadzić modlitwy kongregacyjne wewnątrz. Eutychiusz skarżył się, że w jego czasach, na początku X wieku, muzułmanie złamali te trzy zasady. Wydaje się, że ewolucja statusu tego miejsca modlitwy nastąpiła od arkadowej przestrzeni dołączonej do chrześcijańskiego budynku, gdzie początkowo muzułmanie mieli ograniczone prawa do odprawiania modlitw, do zborowego meczetu począwszy od początku X wieku.
dokładna lokalizacja haniji nie jest jasna, ale miejsce uważane w późnej starożytności za miejsce pochówku Dawida I Salomona zostało opisane przez pielgrzyma z Bordeaux (330) jako niedaleko bazyliki Narodzenia, a przez pielgrzyma z Piacenzy (570) jako pół rzymskiej mili od centrum miasta.
Nowoczesny Meczet w nowej lokalizacji (1860)Edytuj
obecny meczet został zbudowany w 1860 r.został zbudowany w 1860 r. na działce podarowanej na ten cel przez Grecki Kościół Prawosławny i został odnowiony w 1955 r., podczas jordańskiej kontroli nad miastem. Ziemia użyta pod jej budowę została podarowana przez Grecki Kościół Prawosławny w Jerozolimie. W przeszłości, przed pojawieniem się żarówek, było powszechne dla muzułmanów i chrześcijan w Betlejem oferowanie oliwy z oliwek, aby oświetlić otoczenie meczetu, co jest dowodem religijnego współistnienia w mieście.
20 lutego 2006 Dalajlama odwołał swoją wizytę w meczecie m.in. z powodu nacisków ze strony rządu chińskiego. Palestyńskie władze Narodowe zażądały odwołania. Urzędnik MSZ, Majdi al-Khaldi, powiedział dziennikarzom,
na prośbę rządu chińskiego nie przyjął ani nie zajął się nim ze względu na jego separatystyczne ambicje wobec Tybetu…. Biorąc pod uwagę nasze przyjazne stosunki z chińskim rządem, który wspiera naród palestyński, poprosiliśmy władze lokalne (Betlejemskie), a także grupy społeczeństwa obywatelskiego, aby go nie przyjmowały i zgodziły się z naszą prośbą.
w lutym 2007 roku Izraelska Agencja Bezpieczeństwa Szin Bet aresztowała 20 mężczyzn, którzy rzekomo zostali zwerbowani do „celi związanej z Hamasem” przez muzułmańskiego Duchownego w meczecie Omara. Mimo to Meczet pozostał spokojny, gdy w Wigilię Bożego Narodzenia 2007 odwiedził go palestyński prezydent Mahmoud Abbas.