microRNA.org strona internetowa
Kategoria Cross-Omics> bazy wiedzy/bazy danych / Narzędzia
Streszczenie microRNA.org strona internetowa jest kompleksowym zasobem (bazą danych) przewidywania docelowych mikroRNA i profili wyrażeń.
przewidywania docelowe opierają się na opracowaniu algorytmu miRanda, który zawiera aktualną wiedzę biologiczną na temat reguł docelowych i na temat wykorzystania aktualnego kompendium mikroRNA ssaków (patrz poniżej…).
miejsca docelowe przewidywane przez Mirandę są oceniane pod kątem prawdopodobieństwa obniżenia mRNA za pomocą mirSVR, modelu regresji, który jest szkolony na sekwencji i cechach kontekstowych przewidywanego dupleksu miRNA::mRNA (patrz poniżej…)
profile ekspresji pochodzą z kompleksowego projektu sekwencjonowania dużego zestawu tkanek ssaków i linii komórkowych pochodzenia normalnego i chorobowego.
ta strona umożliwia użytkownikom poznanie:
1) zestawu genów, które są potencjalnie regulowane przez dany mikroRNA.
2) współwystępowanie przewidywanych miejsc docelowych dla wielu mikroRNA w mRNA.
3) Profile ekspresji mikroRNA w różnych tkankach ssaków.
nowa wersja algorytmu przewidywania celów Mirandy —
przewidywania celów są wykonywane przy użyciu algorytmu Mirandy, który oblicza optymalną komplementarność sekwencji między zbiorem dojrzałych mikroRNA i danym mRNA za pomocą ważonego algorytmu programowania dynamicznego.
aby uzyskać dodatkowe szczegółowe informacje na temat przewidywania celów, zobacz artykuł: The microRNA.org zasób: cele i wyrażenia. Betel D, Wilson m, Gabow a, Marks DS, Sander C., Nucleic Acids Res.2008 Jan; 36 (Database Issue): D149-53.
wprowadzono kilka drobnych poprawek i uproszczeń w kodzie źródłowym Mirandy. Zmiany obejmują:
1) domyślne argumenty wiersza poleceń zmienione na-sc 140-GO -9-ge -4-en 1 (bez filtrowania energii);
2) usunięto Limit długości UTR;
3) dokręcono filtrowanie zakładek przewidywanych miejsc docelowych; wymaga nakładania się w regionie nasion do filtrowania; i
4) przesunięcia poprawione w liniach wyjściowych „score for this scan” i wyjściu-keyval.
Przewidywanie witryn docelowych przez Mirandę —
ze względu na bardziej elastyczne filtrowanie przewidywanych witryn docelowych, producenci zastosowali próg wyrównania wynoszący 120 zamiast poprzedniego progu 140.
domyślnie interfejs strony odfiltruje wiele z tych słabszych stron, ale masz kilka kryteriów, które można dostosować, aby umożliwić ich przeglądanie.
Punktacja przewidywanych miejsc docelowych według mirSVR —
szczegóły metody punktacji mirSVR można znaleźć w artykule: Kompleksowe modelowanie celów mikroRNA przewiduje funkcjonalne miejsca niezachowane i niekanoniczne. Betel D, Koppal A, Agius P, Sander C, Leslie C., Genome Biology 2010 11: R90.
w skrócie, mirSVR jest „modelem regresji”, który oblicza ważoną sumę szeregu sekwencji i cech kontekstowych przewidywanego dupleksu miRNA::mRNA. Cechy są zasadniczo podzielone na trzy (3) typy:
1) Funkcje dupleksu, które obejmują parowanie bazy w regionie nasion i 3 ’ koniec miRNA;
2) funkcje sekwencji, które obejmują kompozycję A/U w pobliżu miejsc docelowych i dostępność drugorzędnej struktury; oraz
3) funkcje globalne, takie jak długość UTR, względna pozycja miejsca docelowego w UTR i wynik zachowania.
wyniki regulacji w dół mirSVR są kalibrowane tak, aby korelowały liniowo z zakresem regulacji w dół, a zatem umożliwiają dokładną ocenę genów z wieloma miejscami docelowymi poprzez proste dodanie indywidualnych wyników docelowych.
co Więcej, wyniki można interpretować jako empiryczne prawdopodobieństwo down-regulation, które zapewnia miarodajny przewodnik dla wyboru odcięcia wyniku.
ponadto, złożone podejście generowanych przez Mirandę wyrównań i wyników mirSVR umożliwia rozsądne przewidywanie miejsc niekanonicznych (tych z niedopasowaniem lub gu chwieje się w regionie nasion) bez zawyżania liczby fałszywych prognoz.
wydanie z sierpnia 2010 roku microRNA.org zawiera wszystkie przewidywania miejsc docelowych, które mają 6-mer lub lepsze miejsce nasienne lub wynik mirSVR = -0,1.
MirSVR bierze pod uwagę zachowanie podczas obliczania wyniku, więc nie ma już predefiniowanego odcięcia dla filtrowania miejsc docelowych.
jednak użytkownicy są w stanie ograniczyć wyświetlanie interfejsu za pomocą zachowania jako kryterium. Określenie wskaźnika ochrony przewidywanych miejsc docelowych jest obecnie wrażliwe na miejsca, które obejmują połączenia intron.
wydanie z sierpnia 2010 roku microRNA.org zawiera:
1) 16,228,619 przewidywane miejsca docelowe mikroRNA w 34 911 różnych 3 ’ UTR z izoform 19 898 ludzkich genów.
2) 7 459 149 przewidywanych miejsc docelowych mikroRNA w 28 287 różnych 3 ’ UTR z izoform 19 231 genów myszy.
3) 586 068 przewidywanych miejsc docelowych mikroRNA w 6865 różnych 3 ’ UTR od izoform 6256 genów szczura.
4) 345 671 przewidywanych miejsc docelowych mikroRNA w 12 285 różnych 3 ’ UTR z izoform 10 532 genów muszek owocowych.
5) 230 901 przewidywanych miejsc docelowych mikroRNA w 12 228 różnych 3 ’ UTR z izoform 10 124 genów nicieni.
6) miejsca docelowe dla 1100 ludzkich mikroRNA.
7) miejsca docelowe dla 717 mikroRNA myszy.
8) miejsca docelowe dla 387 mikroRNA szczura.
9) miejsca docelowe dla 186 mikroRNA muszek owocowych.
10) miejsca docelowe dla 233 mikroRNA nicieni.
Uwaga: przewidywania docelowe mikroRNA i dane wyrażeń są dostępne jako pliki rozdzielane tabulatorami. Zobacz zakładkę Pliki do pobrania na microRNA.org strona internetowa.
Wymagania systemowe
skontaktuj się z producentem.
Producent
- Computational Biology Center (cBio)
- Memorial Sloan Kettering Cancer Center
- York Avenue, Box #460
- New York, NY 10065 USA
- Tel: +1 646 888 2602 lub +1 646 888 2606
- Faks: +1 646 422 0717 1275
strona producenta microRNA.org strona www
Cena Kontakt z producentem.
numer G6G 20748
Numer producenta G6G 104331