oryginalny patent będący podstawą systemu analizy nCounter został wynaleziony i licencjonowany przez Institute for Systems Biology. Biznes plan został napisany przez Amber Ratcliffe i Aaron Coe i zdobył finansowanie nasion w wielu konkursach biznesplan. NanoString został wydzielony z Institute for Systems Biology i założony jako osobna firma w 2003 roku przez Krassena Dimitrova, Amber Ratcliffe i Dwayne 'a Dunaway’ a.
w 2004 r.Firma NanoString pozyskała pierwsze znaczące środki finansowe w postaci finansowania serii A o wartości 4,3 mln USD. Od tego czasu zebrali kilka kolejnych rund finansowania, aby rozszerzyć działalność na rozwój diagnostyki molekularnej. W 2011 roku firma NanoString Technologies zebrała prawie 70 milionów dolarów dzięki swojej serii D.
w 2009 roku Perry Fell, który był dyrektorem generalnym od 2004 roku, opuścił firmę nagle i bez oficjalnego wyjaśnienia. W latach 2009-2010 firma działała pod kierownictwem Wayne ’ a Burnsa. Brad Gray, były dyrektor Genzyme, został zatrudniony jako prezes i dyrektor generalny w 2010 roku.
W wywiadzie Gray zasugerował, że NanoString zacznie rozwijać diagnostykę kliniczną. Od lipca 2012 r. NanoString zaczął wskazywać na ruch w kierunku stania się spółką publiczną, zatrudniając kilku starszych pracowników z doświadczeniem w firmie publicznej. We wrześniu 2012 r.NanoString otrzymał oznaczenie CE Na sprzedaż testu prognostic Gene signature Assay (PAM50-based breast cancer test) w Izraelu i UE, a we wrześniu 2013 r. NanoString otrzymał zezwolenie FDA 510(k) dla produktu Prosigna.
w 2013 roku IPO firmy zebrało 54 miliony dolarów, które zostały wykorzystane do zwiększenia sprzedaży i działań marketingowych NanoString. W rezultacie przychody z NanoString wzrosły o 52% W roku budżetowym 2014-2015.