pętle macierzyste występują w strukturach przed mikroRNA, a najbardziej znane w transferowym RNA, które zawierają trzy prawdziwe pętle macierzyste i jeden rdzeń, które spotykają się we wzorze koniczyny. Anticodon, który rozpoznaje kodon podczas procesu translacji, znajduje się na jednej z niesparowanych pętli w tRNA. Dwie zagnieżdżone struktury pnia-pętli występują w pseudokibicach RNA, gdzie pętla jednej struktury tworzy część drugiej pnia.
wiele rybozymów posiada również struktury macierzystych pętli. Samorozcinający się rybozym hammerhead zawiera trzy pętle macierzyste, które spotykają się w centralnym, niesparowanym regionie, w którym leży miejsce rozszczepiania. Podstawowa struktura drugorzędowa rybozymu hammerhead jest wymagana do samodzielnego rozszczepiania.
pętle spinki do włosów są często elementami znajdującymi się w obrębie 5 ’ UTR prokariotów. Struktury te są często związane z białkami lub powodują tłumienie transkryptu w celu regulacji translacji.
struktura pnia-pętli mRNA tworząca się w miejscu wiązania rybosomu może kontrolować inicjację translacji.
struktury pętli macierzystej są również ważne w prokariotycznym Rho-niezależnym zakończeniu transkrypcji. Pętla spinki do włosów tworzy się w nici mRNA podczas transkrypcji i powoduje, że polimeraza RNA dysocjuje z nici szablonu DNA. Proces ten jest znany jako niezależne od rho lub wewnętrzne zakończenie, a zaangażowane sekwencje nazywane są sekwencjami terminatorowymi.