zalety Edytuj
kiedy TopHat pojawił się po raz pierwszy, był szybszy niż poprzednie systemy. Zmapowano ponad 2,2 miliona odczytów na godzinę procesora. Ta szybkość pozwoliła użytkownikowi na przetworzenie i przeprowadzenie całego eksperymentu RNA-Seq w mniej niż jeden dzień, nawet na standardowym komputerze stacjonarnym. Tophat używa Bowtie na początku do analizy odczytów, ale potem robi więcej, aby przeanalizować odczyty, które obejmują połączenia ekson-ekson. Jeśli używasz TopHat do danych RNA-Seq, otrzymasz więcej odczytu dopasowanego do genomu referencyjnego.
Kolejną zaletą Tophata jest to, że nie musi on polegać na znanych miejscach łączenia podczas wyrównywania odczytów do genomu referencyjnego.
Wadeedit
TopHat jest w fazie niskiej konserwacji, niskiego wsparcia i zawiera błędy oprogramowania, które zrodziły oprogramowanie post-processingowe innych firm do skorygowania. Został zastąpiony przez HISAT2, który jest bardziej wydajny i dokładny oraz zapewnia tę samą podstawową funkcjonalność (spliced alignment of RNA-Seq reads).
nowsze protokoły są teraz bardziej wydajne niż TopHat, takie jak spinki do mankietów, STAR i limma.
