antes do estado, congregações Batista perto de Natchez se organizaram em setembro de 1807 em uma associação na Igreja Bethel em Bayou Sara, embora no ano anterior na Igreja de Salem seis igrejas tinham se encontrado para o mesmo propósito. A Associação Batista do Mississippi adotou “articles of faith” & gospel order, e publicou seus trabalhos nos anos seguintes com muitas referências a Thomas Mercer e David Cooper.
uma segunda organização seguida do título da Convenção. A primeira Convenção Batista do Mississippi durou apenas cinco anos, de fevereiro de 1824, quando se reuniu pela primeira vez na Igreja Bogue Chitto no Condado de Pike, até 1829, depois de ter encontrado tanta resistência que foi acordado que ela seria dissolvida em 1828.A segunda Convenção foi formada em 23-4 de dezembro de 1836. Seu primeiro presidente foi Ashley Vaughan e seu primeiro correspondente Sscretary S. S. Lattimore. Lattimore ainda era seu presidente em 1852. O secretário correspondente naquele ano foi W. J. Denson, e o Secretário de gravação foi J. T. Freman.Em 1857, A Convenção estabeleceu um jornal, O Mississippi Batista, com J. T. Freeman como seu editor.No mesmo ano, a Convenção expressou sua opinião sobre a abolição da escravidão, dizendo que era uma tentativa “de diminuir os privilégios sociais, civis e religiosos da população escrava”. Igrejas Batista no estado praticavam a segregação há alguns anos. A Convenção havia relatado em 1938 “que alguns poucos de nossas igrejas, e alguns de nossos amigos metodistas, adotaram o plano de realizar reuniões separadas para os negros; e que tal curso é geral atendido com um interesse aumentado entre eles”.As sociedades femininas foram algumas das maiores apoiadoras financeiras da convenção no início do século XIX. Em 1875, A Convenção reconheceu formalmente as organizações de mulheres.