quando, onde e quanto um gene é expresso é controlado primariamente pela interação de sequências de DNA reguladoras cis com fatores de transcrição trans-regulatória (TFs). As alterações nos sítios de ligação à TF contribuem para os estados da doença, a diversidade fenotípica entre indivíduos saudáveis e os fenótipos divergentes entre as espécies. Apesar de sua importância, muitas questões permanecem sobre a forma como as sequências de DNA regulatório cis traduzem a ligação TF em atividade transcritional (Wittkopp e Kalay 2012). A rápida evolução dos potenciadores amarelos oferece-nos uma excelente oportunidade para estudar a evolução das sequências reguladoras cis (Wittkopp et al. 2002; Gompel et al. 2005).
usando genes de repórter em D. melanogaster, descobrimos que a localização dos potenciadores específicos do tecido do gene pigmentação amarelo mudaram as posições no genoma entre as espécies (ver Figura) (Kalay e Wittkopp 2010). A análise de seqüência sugeriu que isso era mais provável devido ao ganho gradual e perda de locais de ligação do fator de transcrição do que duplicações ou rearranjos. Isto nos permite usar essas regiões para comparar seqüência de DNA, ligação TF, e atividade regulatória cis entre seqüências que adquiriram independentemente a mesma função, bem como entre seqüências de DNA ortólogo cujas funções divergiram.
Atualmente, são: (1) análise de fermento-1-híbrido dados de identificação do TFs que ligar para espécies específicas de intensificadores de cor amarela, (2) a localização de sequências responsável por tecido-atividade específica dentro de cada enhancer região, e (3) usar informações obtidas a partir deste trabalho elucidar mecanismos de desenvolvimento controlar abdominal padronização durante a pupa de desenvolvimento.