Fibrose Cística (FC) é uma das mais comuns único gene defeitos de ascendência Europeia populações, com uma incidência de cerca de 1 em cada 2.500 nascidos vivos e a frequência da portadora de cerca de 1 em cada 25. A mutação mais comum no gene de condutância transmembranar CFTR é uma deleção (P. F508del) do codon 508 da fenilalanina; sua frequência, no entanto, não é a mesma em todo o mundo. O objetivo deste artigo é documentar uma aplicação de um projeto de pesquisa de dois níveis em diferentes estados do Brasil, a partir do qual as diferenças regionais da incidência de CF e frequência de portadores de mutações causadoras de CF podem ser estimadas pela primeira vez. Apresentamos dados sobre distribuições de genótipos em referência a p.Mutação F508del em amostras de recém-nascidos, controles para adultos e pacientes de CF de cinco estados brasileiros, em que um total de 2683 recém-nascidos nascidos de pais brancos brasileiros e 500 controles para adultos afro-brasileiros foram rastreados, bem como 300 pacientes de CF (262 descendentes europeus e 38 descendentes africanos) foram genotipados. Nossos resultados sugerem que a incidência de CF em diferentes partes do Brasil pode diferir em quase 20 vezes. Para o conjunto dos cinco estados diferentes, cerca de 48% dos CF-alelos transportam o p.Mutação F508del, que coloca as estimativas de incidência de doenças e frequências portadoras para os descendentes europeus brasileiros como 1 em 7576 nascimentos vivos e 2,3%, respectivamente. São discutidas as implicações para a prevenção do CF e de outras doenças mendelianas raras através de tais inquéritos de rastreio de mutações.