Joaquín nasceu em El Puerto de Santa María, Província de Cádiz. Em 1999-2000, ele começou a sua carreira sénior, aparecendo regularmente para o Real Betis B (depois de passar dois anos nos escalões de formação) como ele acabou por ser relegado à terceira divisão; no ano seguinte, mudou-se para a primeira equipe, fazendo a sua estreia como profissional, em 3 de setembro de 2000, e tendo um impacto imediato – 38 jogos e três gols – como os Andaluzes voltou a La Liga, depois de um ano fora.Posteriormente, Joaquín coletou mais de 200 aparições oficiais para Betis nos cinco anos seguintes, assistindo e marcando igualmente. Durante 2004-05, ele jogou em todos os jogos marcando cinco vezes, e adicionou três gols na Copa del Rey da campanha: na última, como a final foi jogado no Estádio Vicente Calderón em 11 de junho de 2005, ele jogou os 90 minutos completos mais tempo extra como Betis venceu por 2-1 contra CA Osasuna.Na Liga dos Campeões da UEFA da temporada seguinte, Joaquín apareceu em todos os seis jogos da fase de grupos para Betis, incluindo o triunfo por 1-0 sobre o Chelsea e um empate por 0-0 contra o Liverpool, em Anfield (terceiro lugar, Copa da UEFA “despromoção”).
no final de julho de 2006, após uma conversa com Joaquín, o presidente da Betis, José León, afirmou que o jogador tinha convencido que ele iria ficar no clube por mais um ano. “Surpreendeu-me muito”, admitiu. “Vim convencê-lo e, pelo contrário, ele me convenceu”, acrescentou. Em meados de agosto, o jogador causou choque no clube, declarando em uma conferência de imprensa suas intenções de sair.
ValenciaEdit
Joaquín jogando para o Valencia no 2010
Joaquín foi feito para mover-se para o Valencia CF, em início de agosto de 2006, para €18 milhões, em um acordo de troca, que também incluiu Mario Regueiro. No entanto, surgiram algumas dificuldades no pagamento, juntamente com a insistência do Uruguai em permanecer em Valência, com a transferência sendo assim adiada.Joaquín foi emprestado ao Albacete Balompié como punição pelo dono da Betis Manuel Ruiz de Lopera, devido ao jogador ter uma certa porcentagem da taxa de transferência. Lopera usou uma cláusula em seu contrato em que ele poderia ser emprestado a qualquer clube se fosse decidido por Betis (Joaquín viajou para as instalações de seu novo clube usando seu próprio transporte e, para provar que ele fez isso, tinha-se fotografado por agentes trabalhando nas proximidades. O interruptor foi posteriormente cancelado).Joaquín mudou-se oficialmente para Valencia no final de agosto de 2006 por 25 milhões de euros, tornando-se a Assinatura mais cara do clube até essa data, já que o jogador assinou um contrato de cinco anos, com a escolha de uma nova prorrogação de um ano. Em seu primeiro ano, ele jogou 35 partidas e marcou cinco gols enquanto o Che chegou às eliminatórias da Liga Dos Campeões.Em 2009-10, Joaquín começou a enfrentar uma forte competição por um posto de partida, sendo desafiado pelo jovem Pablo Hernández.; durante o curso da campanha – Valencia também jogou na Liga Europa da UEFA – ambos os jogadores receberam aproximadamente o mesmo número de minutos, e marcou um total semelhante de gols.Com a partida de David Villa para o FC Barcelona, Joaquín recebeu a camisa nº 7 para 2010-11. Ele liderou as tabelas de pontuação após a primeira rodada, marcando duas vezes em uma vitória por 3-1 no Málaga CF. Em 12 de fevereiro de 2011, ele marcou outro gol, ajudando Valencia a ficar atrás no Atlético de Madrid para vencê-lo por 2-1, eventualmente terminando em terceiro e se qualificar para a Liga Dos Campeões.
MálagaEdit
Joaquín em ação contra o Levante, no 2011
Em 24 de junho de 2011, Joaquín esquerda Valência e assinado para o Málaga, para três anos, para uma taxa de 4 milhões de euros. Ele fez sua estréia pelo clube em 28 de agosto em uma derrota por 1-2 contra o Sevilla FC, e abriu sua conta de pontuação por duas vezes em outro derby local, uma vitória em casa por 4-0 contra o Granada CF.Em dois jogos em casa em outubro de 2012, separados por apenas quatro dias, Joaquín marcou para dar a vitória final a Málaga, em ambas as ocasiões depois de ter perdido uma pênalti: ele começou contra o Real Valladolid (2-1), em seguida, marcou o jogo apenas contra o A. C. Milan na fase de grupos da Liga Dos Campeões.Em 13 de junho de 2013, com quase 32 anos de idade, Joaquín mudou-se para o exterior pela primeira vez, acordando um acordo de três anos com a Fiorentina da Itália. Ele fez sua estréia competitiva para o seu novo time em 29 de agosto, começando em uma derrota por 0-1 em casa contra o Grasshopper Club Zürich na rodada de playoff da Liga Europa.O primeiro gol de Joaquín para a Viola veio como substituto em 20 de outubro de 2013, em uma vitória em casa por 4-2 sobre o Juventus campeão da Serie A, e seu segundo da temporada da liga foi o único em uma vitória no S. S. C. Napoli no dia 23 de Março seguinte. Ele também desempenhou um papel na corrida da equipe para a final da Coppa Italia, marcando em uma vitória por 2-0 em casa sobre A. C. ChievoVerona nos últimos 16.Em 31 de agosto de 2015, Joaquín retornou a Betis, assinando um contrato de três anos. Em 2017, ele adquiriu uma participação de 2% em seu primeiro clube.Em 15 de setembro de 2019, Joaquín encontrou a rede em um empate 1-1 contra o Getafe CF, marcando sua 400ª aparição para o green – and-whites-ele também empatou com Julio Cardeñosa como o jogador com a maioria das Aparições espanholas de topo para o Betis com 307. No dia 8 de dezembro, ele marcou 18 minutos de “hat-trick” (o primeiro de sua carreira) na 3-2 sobre o Atlético de Bilbao, tornando-se o jogador mais velho de sempre a conseguir o feito na La Liga, com a idade de 38 anos e 140 dias, quebrando o recorde anterior, de 37 anos, um conjunto de Alfredo Di Stéfano, em 1964. No final do ano, ele concordou com uma prorrogação até 2021.Em 16 de julho de 2020, em uma derrota por 2-1 para o Deportivo Alavés, Joaquín fez sua 551ª aparição na Primeira Divisão Espanhola, superando assim Raúl como o jogador de campo com mais jogos na competição. Apenas o goleiro Andoni Zubizarreta permaneceu à frente dele, em 622.