Cleaver estava encarregada de organizar uma conferência estudantil na Universidade Fisk em Nashville, Tennessee. Na conferência, Cleaver se encontrou com o ministro da informação para o Partido Pantera Negra, Eldridge Cleaver, que estava falando na conferência. Ele tinha acabado de sair da prisão e publicado Soul on Ice. Ela se mudou para São Francisco em novembro de 1967 para se juntar à festa dos Panteras Negras, e apenas um mês e meio depois, logo após o Natal, Eldridge e Kathleen se casaram. Ela se juntou cerca de três a quatro semanas depois de Huey Newton ser acusado de matar um policial de Oakland em um tiroteio pré-desenhado. Foi em São Francisco que Kathleen se tornou a secretária de comunicação do partido e trabalhou na organização de manifestações, criação de panfletos, realização de conferências de imprensa, projetar cartazes, e falar em comícios e na TV. O Cleaver aplicou tudo o que aprendeu com o SNCC na festa dos Panteras Negras. Ela mesma criou a posição, motivada por Julian Bond na SNCC. Apesar do fato de que mais de dois terços dos Membros dos Panteras Negras eram mulheres, Cleaver foi um dos poucos a ocupar cargos seniores no partido. Cleaver se tornou a secretária de comunicação e a primeira mulher membro do órgão de decisão do partido. Ela também serviu como porta-voz e secretária de imprensa. Notavelmente, ela organizou a campanha nacional para libertar o ministro da Defesa Do Partido, Huey Newton, que foi preso. Kathleen Neal Cleaver estava entre um pequeno grupo de mulheres que eram proeminentes no Partido Pantera Negra, que incluía Elaine Brown e Ericka Huggins.
o primeiro grande ataque contra o Partido Pantera Negra foi na década de 1960 pela primeira equipe SWAT de Los Angeles. Com o passar de alguns anos, em 1971, quase 30 dos membros do partido dos Panteras Negras tinham sido mortos. Cleaver teve um tempo difícil de curar a partir do falecimento de tantos de seus colegas e tem sido emocionalmente marcado. O que mais a ajudou foi chegar à raiz de tudo, que foi descobrir de onde veio a ansiedade e o trauma. Conforme o tempo passava, havia um grupo de mulheres do Partido Pantera Negra, incluindo Cleaver, que iria se encontrar e discutir o que aconteceu com eles, restaurar a sua saúde, e para se recuperar de lesões traumáticas e as experiências que eles enfrentaram Em 1968 (o mesmo ano em que seu marido se candidatou a presidente sobre a Paz e a Liberdade de ingresso) ela correu para a Califórnia, 18 de estado, assembleia distrital, também como um candidato para a Paz e a Liberdade de terceiros. Cleaver recebeu 2.778 votos para 4.7% do total dos votos, terminando em terceiro lugar em uma corrida de quatro candidatos.Como resultado do seu envolvimento com o Partido Pantera Negra, os Cleavers eram frequentemente alvo de investigações policiais. O apartamento dos Cleavers foi invadido em 1968 antes de um comício de panteras pelo Esquadrão táctico de São Francisco sob a suspeita de esconder armas e munições. Mais tarde naquele ano, Eldridge Cleaver encenou uma emboscada deliberada de policiais de Oakland, durante a qual dois policiais foram feridos. Cleaver foi ferido e o companheiro Pantera Negra Bobby Hutton foi morto em um tiroteio após a troca inicial de tiros. Acusado de tentativa de assassinato, ele saltou a fiança para fugir para Cuba e mais tarde foi para a Argélia.Quando Cleaver retornou aos Estados Unidos, ele afirmou que o tiroteio foi uma emboscada deliberada contra a polícia. O mesmo autor que divulgou a notícia desta afirmação duvidou de sua veracidade, porque foi no contexto de um discurso pouco caraterístico em que Cleaver afirmou “precisamos da polícia como heróis”, e disse que ele denunciou comissões civis de revisão de tiroteios policiais pela razão de que “é um carimbo de borracha para assassinato.”O autor especula que poderia ter sido um pagamento para o sistema de Justiça do Condado de Alameda, cujo juiz apenas alguns dias antes tinha dado liberdade condicional Eldridge Cleaver em vez de tempo de prisão; Cleaver foi condenado ao serviço comunitário após ser acusado de três acusações de agressão contra três policiais de Oakland. O documentário da PBS, uma história de Huey Newton, descobre que “Bobby Hutton foi baleado mais de doze vezes depois que ele já tinha se rendido e despido até sua roupa interior para provar que ele não estava armado.”Durante o tempo de Kathleen Cleaver com o Partido Pantera Negra, ela ajudou a alimentar as pessoas, forneceu cuidados médicos para as famílias, e levou famílias para visitar os entes queridos na prisão. Ela também “ajudou a reunir retiros de cura para mulheres que tinham estado no Partido Pantera Negra, mulheres que tinham vivido no subsolo, que tinham sido torturadas, que tinham sido exiladas”