microRNA.org site
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Resumo O microRNA.org site é um recurso abrangente (banco de dados) de microRNA alvo previsões e perfis de expressão.
as predições-alvo são baseadas no desenvolvimento do algoritmo de miRanda que incorpora o conhecimento biológico atual sobre as regras-alvo e sobre o uso de um compêndio atualizado de microRNAs de mamíferos (ver abaixo)…).
os locais-alvo previstos por miRanda são marcados para a probabilidade de redução de mRNA usando mirSVR, um modelo de regressão que é treinado em características sequenciais e contextuais do miRNA previsto::mRNA duplex (ver abaixo…)
os perfis de expressão são derivados de um projeto abrangente de sequenciação de um grande conjunto de tecidos de mamíferos e linhas celulares de origem normal e de doença.
este website permite aos utilizadores explorar:
1) o conjunto de genes que são potencialmente regulamentados por um determinado microRNA.
2) a co-ocorrência de locais-alvo previstos para microRNAs múltiplas num ARNm.
3) perfis de expressão de MicroRNA em vários tecidos de mamíferos.
Nova versão de miRanda alvo algoritmo de previsão de —
Destino previsões são realizadas utilizando o miRanda algoritmo que calcula a seqüência ideal de complementaridade entre um conjunto de maturidade dos microRNAs e um determinado mRNA usando uma média ponderada algoritmo de programação dinâmica.
para mais informações sobre a(s) previsão (ões) do alvo, ver o artigo: microRNA.org recurso: alvos e expressão. Betel D, Wilson M, Gabow a, Marks DS, Sander C., Nucleic Acids Res. 2008 Jan; 36 (Database Issue): D149-53.
houve várias correções menores e simplificações para o código fonte miRanda. As alterações incluem:
1) Predefinição argumentos de linha de comando alterado para -sc 140 -vá -9 -ge -4 -pt 1 (nenhuma energia de filtragem);
2) Limite UTR comprimento removido;
3) se Sobrepõem filtragem do previsto meta locais apertados; requer a sobreposição de semente de região para filtro; e
4) Deslocamentos corrigido em “pontuação para essa verificação” linhas de saída e keyval de saída.
predição de sites alvo por miRanda —
devido à filtragem mais flexível da interface do site de sites alvo previstos, os fabricantes têm usado um limiar de pontuação de alinhamento de 120 em vez do limiar anterior de 140.
por padrão, a interface do site irá filtrar muitos desses sites de menor pontuação, mas você tem vários critérios que podem ser ajustados para permitir que você os veja.
pontuação dos locais-alvo previstos por mirSVR —
detalhes do método de pontuação mirSVR podem ser encontrados no papel: Modelagem abrangente de alvos microRNA prevê locais funcionais não-conservados e não-canônicos. Betel D, Koppal A, Agius P, Sander C, Leslie C., Genome Biology 2010 11:R90.
brevemente, mirSVR é um “modelo de regressão” que calcula uma soma ponderada de um número de características de sequência e contexto do miRNA previsto::mRNA duplex. As características são divididas amplamente em três (3) tipos:
1) Características Duplex que inclui emparelhamento base na região de sementes, e 3 ‘ Fim do miRNA;
2) características de sequência que incluem uma composição A / U perto dos locais-alvo e acessibilidade de estrutura secundária; e
3) características globais tais como o comprimento da UTR, posição relativa do local-alvo na UTR e pontuação de conservação.
as pontuações de down-regulation do mirSVR são calibradas de modo a correlacionar linearmente com a extensão da down-regulation e, por conseguinte, permitir a pontuação precisa de genes com múltiplos locais-alvo através da simples adição das pontuações-alvo individuais.
além disso, as pontuações podem ser interpretadas como uma probabilidade empírica de down-regulation, que fornece um guia significativo para selecionar um corte de pontuação.
in addition, the composite approach of miRanda-generated alinhments and mirSVR scores enables the judicious prediction of non-canonical sites (those with mismatch or GU wobble in the seed region) without inflating the number of false predictions.
o lançamento de agosto de 2010 de microRNA.org includes all target site predictions which have either a 6-mer or better seed site, or a mirSVR score = -0.1.
MirSVR leva a conservação em conta ao calcular uma pontuação, de modo que não há mais nenhum corte predefinido para filtrar locais-alvo.
no entanto, os usuários são capazes de restringir o display de interface usando conservação como critério. A determinação da pontuação de conservação para os locais-alvo previstos é agora sensível aos locais que abrangem as intersecções.
o lançamento de agosto de 2010 de microRNA.org contém:
1) 16,228,619 locais-alvo previstos de microRNA em 34.911 distintos de 3 ‘ UTR das isoformas de 19.898 genes humanos.
2) 7. 459. 149. 149 locais-alvo previstos para a microRNA em 28.287 3’UTR distintos das isoformas de 19. 231 genes do rato.
3) 586 068 sítios-alvo previstos da microRNA em 6 865 3’UTR distintos das isoformas de 6,256 genes no rato.
4) 345,671 alvos previstos de microRNA em 12.285 3’UTR distintos das isoformas de 10.532 genes de mosca da fruta.
5) 230,901 sítios-alvo previstos de microRNA em 12,228 3’UTR distintos das isoformas de 10,124 genes do nemátodo.
6) locais-alvo para 1.100 microRNAs humanas.
7) locais-alvo para 717 microRNAs de ratinho.
8) locais-alvo para 387 microRNAs de rato.
9) locais-alvo para 186 microRNAs de mosca da fruta.
10) sítios-alvo para 233 microRNAs do nemátodo.
Nota: as previsões de alvo e os dados de expressão de microRNA estão disponíveis como ficheiros delimitados por tabulações. Veja a página de Transferências na microRNA.org website.
requisitos do sistema
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- Biologia Computacional Center (cBio)
- Memorial Sloan Kettering Cancer Center
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- New York, NY 10065 EUA
- Tel.: +1 646 888 2602 ou +1 646 888 2606
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