the original patent that is the basis for the nCounter Analysis System was invented and licensed from the Institute for Systems Biology. O plano de negócios foi escrito por Amber Ratcliffe e Aaron Coe e ganhou financiamento de sementes em várias competições de planos de negócios. NanoString foi criada em 2003 por Krassen Dimitrov, Amber Ratcliffe e Dwayne Dunaway.
in 2004, NanoString raised its first significant funding in a $ 4.3 M series A financing. Desde então, eles têm levantado várias mais rodadas de financiamento para se expandir para o desenvolvimento de diagnósticos moleculares. A partir de 2011, a NanoString Technologies tinha arrecadado cerca de US $70 milhões com sua série D.
em 2009, Perry Fell que tinha sido CEO desde 2004, deixou a empresa abruptamente e sem nenhuma explicação oficial. Entre 2009 e 2010, a empresa operou com um CEO atuante, Wayne Burns. Brad Gray, um ex-executivo da Genzyme, foi contratado como presidente e CEO em 2010.
a partir de junho de 2010, a empresa ainda não era rentável. Em uma entrevista, Gray sugeriu que NanoString iria começar a desenvolver diagnósticos clínicos. A partir de julho de 2012, a NanoString começou a indicar um movimento para se tornar uma empresa pública, contratando vários funcionários seniores com experiência na empresa pública. NanoString recebeu uma designação CE-mark para a venda do Prosigna breast cancer prognostic gene signature assay(PAM50-based breast cancer test) em Israel e na UE em setembro de 2012, e em setembro de 2013, NanoString recebeu a aprovação FDA 510 (k) para Prosignna.
em 2013, a IPO da empresa arrecadou US $54 milhões que foram usados para expandir as vendas de NanoString e os esforços de marketing. Como resultado, a receita de NanoString aumentou 52% no exercício de 2014-2015.