AdvantagesEdit
quando TopHat saiu pela primeira vez, foi mais rápido do que os sistemas anteriores. Mapeou mais de 2,2 milhões de leituras por hora de CPU. Essa velocidade permitiu ao usuário processar e completar o experimento RNA-Seq em menos de um dia, mesmo em um computador desktop padrão. Tophat usa Bowtie no início para analisar as leituras, mas, em seguida, faz mais para analisar as leituras que exon-exon de span junções. Se você estiver usando o TopHat para os dados RNA-Seq, você terá mais leitura alinhada com o genoma de referência.
outra vantagem para TopHat é que ele não precisa confiar em locais de união conhecidos ao alinhar leituras com um genoma de referência.TopHat está em uma fase de baixa manutenção, baixo suporte, e contém bugs de software que geraram software de pós-processamento de terceiros para corrigir. Ele foi substituído por HISAT2, que é mais eficiente e preciso e fornece a mesma funcionalidade principal (alinhamento spliced de RNA-Seq reads).Os protocolos mais recentes são mais eficientes agora, em comparação com TopHat como cufflinks, STAR e limma.
