buclele Stem apar în structurile pre-microARN și cel mai faimos în ARN de transfer, care conțin trei bucle stem adevărate și o tulpină care se întâlnesc într-un model de trifoi. Anticodonul care recunoaște un codon în timpul procesului de traducere este situat pe una dintre buclele nepereche din Tarn. Două structuri de buclă stem imbricate apar în ARN pseudoknots, unde bucla unei structuri face parte din a doua tulpină.
multe ribozime prezintă, de asemenea, structuri cu buclă stem. Ribozima cu cap de ciocan auto-scindat conține trei bucle de tulpină care se întâlnesc într-o regiune centrală nepereche unde se află locul de scindare. Structura secundară de bază a ribozimei hammerhead este necesară pentru activitatea de auto-scindare.
buclele de ac de păr sunt adesea elemente găsite în 5 ‘ UTR de procariote. Aceste structuri sunt adesea legate de proteine sau provoacă atenuarea unei transcrieri pentru a regla traducerea.
structura ARNm stem-loop care se formează la locul de legare a ribozomilor poate controla inițierea translației.
structurile de buclă Stem sunt, de asemenea, importante în terminarea transcripției procariote independente. Bucla acului de păr se formează într-o catenă de ARNm în timpul transcrierii și determină disocierea ARN polimerazei de Catena șablonului ADN. Acest proces este cunoscut sub numele de terminație rho-independentă sau intrinsecă, iar secvențele implicate sunt numite secvențe terminatoare.