înainte de statalitate, congregațiile Baptiste de lângă Natchez s-au organizat în septembrie 1807 într-o asociație la Biserica Betel din Bayou Sara, deși anul precedent la Biserica Salem șase biserici se întâlniseră în același scop. Asociația Baptistă din Mississippi a adoptat ‘articole de credință & ordine evanghelică’ și și-a publicat lucrările în anii următori cu multe referințe la Thomas Mercer și David Cooper.
o a doua organizație urmată de titlul Convenției. Prima Convenție Baptistă din Mississippi a durat doar cinci ani, din februarie 1824, când s-a întâlnit pentru prima dată la Biserica Bogue Chitto din județul Pike, până în 1829, după ce a întâmpinat atât de multă rezistență încât s-a convenit ca aceasta să fie desființată în 1828.
a doua Convenție a fost formată în perioada 23-4 decembrie 1836. Primul său președinte a fost Ashley Vaughan și primul său Sscretar corespunzător S. S. Lattimore. Lattimore era încă președintele său în 1852. Secretarul corespunzător din acel an a fost W. J. Denson, iar secretarul de înregistrări a fost J. T. Freman.
în 1857, Convenția a înființat un ziar, Baptistul Mississippi, cu J. T. Freeman ca editor al acestuia.
în același an, Convenția și-a exprimat opinia cu privire la abolirea sclaviei, spunând că a fost o încercare „de a diminua privilegiile sociale, civile și religioase ale populației de sclavi”. Bisericile baptiste din stat practicau segregarea de câțiva ani. Convenția raportase în 1938 „că câteva dintre bisericile noastre și unii dintre prietenii noștri metodiști au adoptat Planul de a organiza întâlniri separate pentru negri; și că un astfel de curs este general urmat cu un interes crescut printre ei”.
societățile femeilor au fost unii dintre cei mai mari susținători financiari ai Convenției la începutul secolului al 19-lea. În 1875, Convenția a recunoscut oficial organizațiile de femei.