un Begomovirusuri Bipartite
ADN–a al geminivirusurilor bipartite codifică două proteine (AV1 și AV2) în sens virion și patru proteine (AC1-AC4) în sens complementar; ADN-B codifică câte o proteină (BV1 și BC1) în sens virion și respectiv complementar (figura 6.40 a). În ADN-ul MYMV-A există două transcrieri în sens virion (Shivaprasad și colab., 2005). Produsul din ORF AV1 este tradus dintr-o transcriere care începe la poziția 141 și cea pentru AV2 dintr-o transcriere care începe la poziția 137 (Figura 6.40B). Deoarece codonul de inițiere pentru AV2 se află la poziția 141, traducerea nu ar putea începe de la transcrierea mai scurtă, deoarece nu ar exista o secvență de lider. O situație similară de scanare cu scurgeri se referă la transcrierea și traducerea sensului virionului ADN-B MYMV, cu scanarea cu scurgeri a ORF scurt BV2 fiind ocolită pentru traducerea BV1.
transcrierea cu sens complementar este mult mai complexă și dă naștere la ARN-uri multiple suprapuse cu 3′-capete comune, dar care diferă în 5′-capete. Cele trei ARN-uri cu sens complementar din ADN-ul TGMV-B toate se traduc pentru a da Proteina BC1, în timp ce cele din ADN-A au capacități de codificare diferite. Cea mai mare transcriere, AC61 (transcrierile sunt desemnate în funcție de capetele lor 5′, astfel încât AC61 este din partea complementară a ADN-A începând de la nucleotida 61), acoperind întreaga parte stângă a ADN-A și este singurul ARN care dă proteină Rep de lungime completă (vezi capitolul 7, secțiunea VIII, D, 4 pentru proteinele Rep). AC2540 și AC2515 pot exprima ORF AC4 și cele mai mici ARN-uri (AC1935 și AC1629) specifică respectiv AC2 de la primul lor ORF și AC3 de la al doilea ORF (Hanley-Bowdoin și colab., 2000; Shung și colab., 2006). Promotorul AC1629 conține un situs de legare conservat pentru proteinele nucleare din tutun și Arabidopsis, care este necesar pentru exprimarea AC2 și AC3 (Tu și Sunter, 2007). Cu toate acestea, AC2 este exprimat doar din transcrierea AC1629, în timp ce AC3 este exprimat din ambele transcrieri. Se crede că codonii de inițiere a traducerii AUG din transcrierea 5 ‘ UTR a AC1935 pot regla expresia acestor produse genetice (Shung și Sunter, 2009). ADN-ul MYMV-A are două transcrieri majore cu sens complementar, una începând de la poziția 2649, care este considerată a fi transcrierea bicistronică pentru AC1 și AC4 și una la oricare dintre pozițiile 1649 sau 1646, care este transcrierea bicistronică pentru AC2 și AC3 (figura 6.40 b) (Shivaprasad și colab., 2005). TGMV ADN-B are trei transcrieri cu sens complementar pentru BC1 (figura 6.40 a) (Hanley-Bowdoin și colab., 2000). MYMV BC1 este tradus dintr-o transcriere cu sens complementar îmbinat (figura 6.40 B) (Shivaprasad și colab., 2005). Un al cincilea ORF presupus (AC5) a fost identificat în sensul complementar al ADN-A al WmCSV și ToCMoV, dar nu a fost găsită nicio activitate sau transcriere pentru aceasta (Kheyr-Pour și colab., 2000; Fontelle și colab., 2007).
există secvențe caracteristice ale promotorului ARN polimerazei ii eucariote în regiunea comună din amonte de MRN-urile begomovirusului bipartit în fiecare dintre cele două componente ADN (Hanley-Bowdoin și colab., 2000; Shivaprasad și colab., 2005). Această regiune Promotor este bidirecțională. Transcrierea fiecăruia dintre ARN inițiază 20-30 bp în aval de motivele TATA box, în timp ce celelalte au secvențe asemănătoare elementelor inițiatorului care se suprapun cu capetele lor de 5′. Promotorii pentru ARN-urile tgmv complementare-sense AC61 și AC1629 și pentru ARN-urile virion-sense AV1 și BV1 au fost studiați în detaliu. Promotorul AC 61 mapează la tgmv-o regiune comună și acceptă niveluri ridicate de transcriere. Mutageneza deleției a arătat că cea mai mare parte a activității sale a locuit în 60 bp imediat înainte de locul de pornire a transcrierii AC61, o regiune care se suprapune originii sintezei ADN-ului (+) – catenă (vezi capitolul 7, secțiunea VIII, D, 2). Aceste mutații atât în secvențele de legare a factorului gazdă, cât și în funcția promotorului redus G-box au arătat interacțiunile strânse dintre transcriere și replicare.
există diverse mecanisme care reglementează activitățile acestor promotori. Promotorul AC61 este autoreglat prin situsul de legare Rep, represiunea fiind specifică proteinei Rep omoloage și se consideră că implică interferențe active cu aparatul de transcripție și nu doar obstacole sterice. Proteina AC4 reglează, de asemenea, negativ acest promotor, elementul cis implicat fiind în amonte de cutia G și fiind distinct de situsul de legare a Rep. Această reprimare a transcrierii în amonte îmbunătățește expresia AC2 și ASC3 în TGMV (Shung și Sunter, 2007). Promotorii analogi ai majorității celorlalte begomovirusuri sunt probabil reglementați de mecanisme similare, dar cele ale unora diferă în detaliu (Hanley-Bowdoin și colab., 2000; Shivaprasad și colab., 2005; Usharani și colab., 2006). Secvențele promotorului BC1 sunt similare cu cele ale promotorului AC61, dar diferă în locul de pornire a transcrierii și prin faptul că proteina Rep nu o reglează.
Begomovirusul AC2 este o proteină de transcripție virală (denumită TrAP) care transactivează în trans genele virale târzii AV1 (codifică CP) și BV1 (codifică proteina navetei nucleare (NSP)) pe ADN-A și ADN-B, respectiv (Haley și colab., 1992; Sunter și Bisaro, 1992). Gena Tgmv și CaLCV AC2 activează promotorul CP în țesuturile mezofile și derepresează promotorul în țesutul vascular (Lacatus și Sunter, 2008). Două secvențe independente din AC2 leagă proteinele nucleare de o varietate de gazde. Se crede că dimerizarea AL2 împreună cu fosforilarea acestei proteine modulează capacitatea sa de a interacționa cu proteina celulară și astfel funcționează în reglarea producției de CP (Yang și colab., 2007; Lacatus și Sunter, 2008). Un studiu al promotorului TGMV AV1 la plantele transgenice a arătat că reglarea sa este complexă și este controlată diferit în diferite țesuturi (Sunter și Bisaro, 1997). Promotorii spre stânga și spre dreapta de pe ADN-ul MYMV-B împărtășesc Regiunea receptivă AC2 care nu se suprapune regiunii comune (Shivaprasad și colab., 2005).