Ernest Renan a crescut în provincia mistică catolică franceză Bretania, unde miturile celtice combinate cu catolicismul profund experimentat al mamei sale l-au determinat pe acest copil sensibil să creadă că este destinat preoției. A fost educat la Colegiul ecleziastic de la Trquxguier, absolvind în 1838, apoi a plecat la Paris, unde a continuat studiile teologice obișnuite la St-Nicolas-du-Chardonnet și la St-Sulpice. În amintirile sale despre copilărie și tinerețe (1883), el a povestit criza spirituală prin care a trecut, deoarece interesul său tot mai mare pentru studiile științifice ale Bibliei a făcut în cele din urmă Ortodoxia inacceptabilă; în curând a fost cucerit de noua „religie a științei”, o conversie încurajată de prietenia sa cu chimistul P. E. M. Berthelot.
Renan a abandonat Seminarul și și-a luat doctoratul în filosofie. În acest moment (1848) a scris viitorul științei, dar nu l-a publicat până în 1890. În această lucrare el a afirmat o credință în minunile care vor fi aduse de o știință încă nerealizată, dar despre care era sigur că va veni.
expedițiile arheologice în Orientul Apropiat și studiile ulterioare în semitică l-au condus pe Renan la un concept de studii religioase care mai târziu va fi cunoscut sub numele de religie comparată. A lui a fost o viziune antropomorfă, mediatizată pentru prima dată în viața lui Isus (1863), în care l-a descris pe Hristos ca un fenomen istoric cu rădăcini istorice și care are nevoie de o explicație rațională, non-mistică. Cu suplețea sa caracteristică a intelectului, acest agnostic profund pios a scris o lucrare profund nereligioasă care i-a pierdut profesoratul în atmosfera dominantă Catolică a celui de-al doilea Imperiu din Franța.
viața lui Isus a fost volumul de deschidere al lui Renan istoria originilor creștinismului (1863-1883), cea mai influentă lucrare a sa. Teza sa fundamentală a fost că toate religiile sunt adevărate și bune, pentru că toate întruchipează cele mai nobile aspirații ale omului: el a invitat fiecare om să formuleze aceste adevăruri în felul său. Pentru mulți, o lectură a acestei lucrări a făcut religia pentru prima dată un adevăr viu; pentru alții, a făcut imposibilă convingerea religioasă.
înfrângerea Franței în Războiul Franco-Prusac din 1870-1871 a fost pentru Renan, ca și pentru mulți francezi, o experiență profund dezamăgitoare. Dacă Germania, pe care o venera, ar putea face asta Franței, pe care o iubea, unde se află bunătatea, frumusețea sau adevărul? El a devenit profund sceptic, dar cu o sinceritate dureroasă a refuzat să nege ceea ce părea să se afle în fața lui, afirmând în schimb că „adevărul este poate trist.”El a rămas simpatic față de creștinism, exprimându-l poate cel mai emoționant în rugăciunea sa de pe Acropola Atenei (1876), în care și-a reafirmat credința sa permanentă în viața greacă a minții, dar a mărturisit că a lui era inevitabil o lume mai mare, cu dureri necunoscute zeiței Athena; prin urmare, el nu ar putea fi niciodată un adevărat fiu al Greciei, mai mult decât oricare altul modern.