Eugene Science Center a fost fondată în 1961 ca Muzeul de știință și Industrie din sud-vestul Oregonului (SWOMSI). SWOMSI a primit sprijin inițial de la organizația sa mamă, Oregon Museum of Science and Industry (OMSI) Din Portland, dar la scurt timp a devenit un muzeu independent, cu un consiliu de administrație compus în principal din educatori locali.
SWOMSI a ocupat mai întâi Gara electrică Oregon, în prezent restaurantul Oregon Electric Station, situat la 5th Avenue și Willamette Street. În primii ani în Gara Electrică din Oregon, SWOMSI a oferit exponate și cursuri și a organizat spectacole de planetariu în Planetariul Spitz, o instalație operată de OMSI.
în 1973, găsind stația de cale ferată inadecvată și Planetariul Spitz aproape de sfârșitul vieții sale utile, Consiliul de Administrație al SWOMSI s-a apropiat de comisarii județului Lane pentru a cere spațiu în nou-creatul Alton Baker Park. După o pauză de la OMSI, SWOMSI a devenit centrul de știință și Tehnologie Willamette (WISTEC). Finanțarea majoră pentru noul muzeu a fost obținută în cadrul Administrației pentru Dezvoltare Economică și fiecare dintre membrii consorțiului (Lane Community College, Lane Education Service District, Universitatea din Oregon și WISTEC) a contribuit substanțial la proiect, financiar și prin servicii în natură. La acea vreme, Gara electrică Oregon a fost vândută și 50.000 de dolari în fonduri WISTEC au fost puse în construcția actualei clădiri din Alton Baker Park.
din 1978-79 a fost construită clădirea WISTEC și Noul planetariu. Când orașul Eugene a preluat controlul asupra majorității Alton Baker Park la mijlocul anilor 1980, a preluat și proprietatea clădirii WISTEC. WISTEC a fost deschis în locația actuală în 1980. Planetariul era la acea vreme separat funcțional și financiar de muzeu. Planetariul a devenit în cele din urmă responsabilitatea exclusivă a Lane Education Service District și a fost închis în decembrie 2002, după o criză de finanțare. În ianuarie 2002, WISTEC și-a schimbat numele în fabrica de științe și, odată cu transferul planetariului în proprietatea fabricii de științe în 2003, a devenit Muzeul pentru copii al fabricii de științe & planetariu. Numele a revenit la Science Factory în 2016 și apoi s-a schimbat oficial în Eugene Science Center în ianuarie 2018.