Cleaver a fost responsabilă de organizarea unei conferințe studențești la Universitatea Fisk din Nashville, Tennessee. La conferință, Cleaver s-a întâlnit cu ministrul informațiilor pentru petrecerea Panterei Negre, Eldridge Cleaver, care vorbea la conferință. Tocmai ieșise din închisoare și publicase Soul on Ice. S-a mutat la San Francisco în noiembrie 1967 pentru a se alătura partidului Black Panther și la doar o lună și jumătate mai târziu, imediat după Crăciun, Eldridge și Kathleen se căsătoriseră. Ea s-a alăturat la aproximativ trei până la patru săptămâni după ce Huey Newton a fost acuzat de uciderea unui polițist din Oakland într-un schimb de focuri pre-desenat. În San Francisco, Kathleen a devenit secretarul de comunicare al partidului și a lucrat la organizarea de demonstrații, crearea de broșuri, organizarea de conferințe de presă, proiectarea de afișe și vorbirea la mitinguri și la televizor. Cleaver a aplicat tot ce a învățat de la SNCC la petrecerea Panterei Negre. Ea a creat ea însăși poziția, motivată de Julian Bond în SNCC. În ciuda faptului că peste două treimi dintre membrii Black Panthers erau femei, Cleaver a fost unul dintre puținii care au ocupat funcții de conducere în cadrul partidului. Cleaver a devenit secretar de comunicații și prima femeie membră a organului decizional al Partidului. De asemenea, a fost purtător de cuvânt și secretar de presă. În special, ea a organizat campania națională pentru eliberarea Ministrului Apărării al Partidului, Huey Newton, care a fost închis. Kathleen Neal Cleaver se număra printre un grup mic de femei care erau proeminente în petrecerea Panterei negre, care a inclus Elaine Brown și Ericka Huggins.
primul atac major împotriva Partidului Pantera Neagră a fost în anii 1960 de către prima echipă SWAT din Los Angeles. Pe măsură ce au trecut câțiva ani, în 1971 aproape 30 dintre membrii Partidului Pantera neagră fuseseră uciși. Cleaver a avut un timp dificil de vindecare de la trecerea atât de mulți dintre colegii ei și a fost zguduit emoțional. Ceea ce a ajutat-o cel mai mult a fost să meargă la rădăcina tuturor, care a fost găsirea de unde au venit anxietatea și trauma. Odată cu trecerea timpului, a existat un grup de femei din Partidul Panterei Negre, inclusiv Cleaver, care se întâlneau și discutau ce li s-a întâmplat, le restabileau sănătatea și pentru a se recupera din rănile și experiențele traumatice cu care s-au confruntat în 1968 (în același an în care soțul ei a candidat la funcția de președinte pe biletul pentru pace și libertate), ea a candidat pentru al 18-lea district al adunării de Stat din California, tot în calitate de candidat al Partidului pentru pace și libertate. Cleaver a primit 2.778 de voturi pentru 4,7% din totalul voturilor, terminând pe locul trei într-o cursă cu patru candidați.
ca urmare a implicării lor în Partidul Panterei Negre, Cleavers au fost adesea ținta investigațiilor poliției. Apartamentul Cleavers a fost percheziționat în 1968 înainte de un miting Panther de către echipa tactică din San Francisco sub suspiciunea de a ascunde arme și muniții. Mai târziu în acel an, Eldridge Cleaver a organizat o ambuscadă deliberată a ofițerilor de poliție din Oakland în timpul căreia doi ofițeri de poliție au fost răniți. Cleaver a fost rănit și coleg Pantera Neagră membru Bobby Hutton a fost ucis într-un schimb de focuri în urma schimbului inițial de focuri de armă. Acuzat de tentativă de omor, a sărit cauțiunea pentru a fugi în Cuba și mai târziu a plecat în Algeria.
când Cleaver s-a întors în Statele Unite, el a declarat că împușcăturile au fost o ambuscadă deliberată împotriva poliției. Același autor care a dat vestea acestei afirmații s-a îndoit de veridicitatea acesteia, deoarece a fost în contextul unui discurs necaracteristic în care Cleaver a declarat „avem nevoie de poliție ca eroi” și a spus că a denunțat comisiile civile de revizuire a împușcăturilor poliției pentru motivul că „este o ștampilă de cauciuc pentru crimă.”Autorul speculează că ar fi putut fi o plată către Sistemul de Justiție al Județului Alameda, al cărui judecător cu doar câteva zile mai devreme îi dăduse Eldridge Cleaver probațiune în loc de închisoare; Cleaver a fost condamnat la muncă în folosul comunității după ce a fost acuzat de trei acuzații de agresiune împotriva a trei ofițeri de poliție din Oakland. Documentarul PBS o poveste Huey Newton constată că ” Bobby Hutton a fost împușcat de mai mult de douăsprezece ori după ce s-a predat deja și s-a dezbrăcat până la lenjeria intimă pentru a dovedi că nu era înarmat.”În timpul lui Kathleen Cleaver cu petrecerea Panterei negre, ea a ajutat la hrănirea oamenilor, a oferit îngrijiri medicale familiilor și a dus familiile să-i viziteze pe cei dragi în închisoare. De asemenea, ea „a ajutat la organizarea de retrageri de vindecare pentru femeile care fuseseră în Partidul Panterei Negre, femeile care trăiau sub pământ, care fuseseră torturate, care fuseseră exilate”