microRNA.org website
Category Cross-Omics> baze de cunoștințe / baze de date / instrumente
rezumat microRNA.org site-ul web este o resursă cuprinzătoare (Bază de date) de predicții țintă microARN și profiluri de Expresie.
predicțiile țintă se bazează pe o dezvoltare a algoritmului miRanda care încorporează cunoștințele biologice actuale privind regulile țintă și utilizarea unui compendiu actualizat de microARN-uri de mamifere (a se vedea mai jos…).
siturile țintă prezise de miRanda sunt marcate pentru Probabilitatea reglării ARNm în jos folosind mirSVR, un model de regresie care este instruit pe secvența și caracteristicile contextuale ale duplexului Mirna prezis::ARNm (vezi mai jos…)
profilurile de Expresie sunt derivate dintr-un proiect cuprinzător de secvențiere a unui set mare de țesuturi de mamifere și linii celulare de origine normală și a bolii.
acest site permite utilizatorilor să exploreze:
1) setul de gene care sunt potențial reglementate de un anumit microARN.
2) co-apariția situsurilor țintă prevăzute pentru mai multe microARN-uri într-un ARNm.
3) profiluri de Expresie microARN în diferite țesuturi de mamifere.
noua versiune a algoritmului de predicție a țintei miRanda –
predicțiile țintă sunt efectuate folosind algoritmul miRanda care calculează complementaritatea secvenței optime între un set de microARN-uri mature și un ARNm dat folosind un algoritm de programare dinamică ponderată.
pentru informații suplimentare detaliate despre predicția (predicțiile) țintei, consultați lucrarea: microRNA.org resursă: obiective și expresie. Betel D, Wilson m, Gabow A, Marks DS, Sander C., acizi nucleici Res. 2008 Jan; 36 (problema bazei de date): D149-53.
au existat mai multe corecții minore și simplificări la codul sursă miRanda. Modificările includ:
1) argumentele implicite ale liniei de comandă modificate la-sc 140-go -9-ge -4-en 1 (fără filtrare a energiei);
2) limita de lungime UTR eliminat;
3) filtrarea suprapunere de site-uri țintă prezis strânse; necesită suprapunere în regiunea de semințe pentru a filtra; și
4) compensări corectate în „scor pentru această scanare” linii de ieșire și-ieșire keyval.
Predicția site-urilor țintă de miRanda —
datorită filtrării mai flexibile a interfeței Site-ului web a site-urilor țintă prezise, producătorii au folosit un prag de scor de aliniere de 120 în loc de pragul anterior de 140.
în mod implicit, interfața site-ului web va filtra multe dintre aceste site-uri cu scoruri mai mici, dar aveți mai multe criterii care pot fi ajustate pentru a vă permite să le vizualizați.
Scoring de site-uri țintă prezis de mirSVR —
detalii cu privire la metoda de notare mirSVR pot fi găsite în lucrare: Modelarea cuprinzătoare a țintelor microARN prezice site-uri funcționale neconservate și necanonice. Betel D, Koppal A, Agius P, Sander C, Leslie C., Biologia Genomului 2010 11:R90.
pe scurt, mirSVR este un ‘model de regresie’ care calculează o sumă ponderată a unui număr de secvențe și caracteristici de context ale duplexului Mirna::ARNm prezis. Caracteristicile sunt în general împărțite în trei (3) tipuri:
1) Caracteristici Duplex care include asocierea bazei la regiunea de semințe și capătul 3 ‘ al miARN;
2) Caracteristici de secvență care includ compoziția A/U în apropierea siturilor țintă și accesibilitatea structurii secundare; și
3) caracteristici globale, cum ar fi lungimea UTR, poziția relativă a sitului țintă în UTR și scorul de conservare.
scorurile mirSVR down-regulation sunt calibrate pentru a corela liniar cu gradul de down-regulation și, prin urmare, permit scorarea exactă a genelor cu mai multe site-uri țintă prin simpla adăugare a scorurilor țintă individuale.
mai mult, scorurile pot fi interpretate ca o probabilitate empirică de reglare descendentă, care oferă un ghid semnificativ pentru selectarea unei limite de scor.
în plus, abordarea compozită a aliniamentelor generate de miRanda și a scorurilor mirSVR permite predicția judicioasă a siturilor non-canonice (cele cu nepotrivire sau oscilație GU în regiunea semințelor) fără a umfla numărul de predicții false.
lansarea din August 2010 a microRNA.org include toate predicțiile site-ului țintă care au fie un site de semințe de 6 mer sau mai bun, fie un scor mirSVR = -0.1.
MirSVR ia în considerare conservarea la calcularea unui scor, deci nu mai există nicio limită predefinită pentru filtrarea site-urilor țintă.
cu toate acestea, utilizatorii pot restricționa afișarea interfeței folosind conservarea ca criteriu. Determinarea scorului de conservare pentru siturile țintă prezise este acum sensibilă la siturile care se întind pe joncțiuni intron.
lansarea din August 2010 a microRNA.org conține:
1) 16,228,619 siturile țintă microARN prezise în 34.911 distincte 3 ‘ UTR din izoformele a 19.898 de gene umane.
2) 7.459.149 site-uri țintă microARN prezise în 28.287 distincte 3 ‘ UTR din izoformele a 19.231 gene de șoarece.
3) 586.068 site-uri țintă microARN prezise în 6.865 distincte 3 ‘ UTR din izoformele a 6.256 gene de șobolan.
4) 345.671 site-uri țintă microARN prezise în 12.285 distincte 3 ‘ UTR din izoformele a 10.532 gene de muște fructifere.
5) 230.901 site-uri țintă microARN prezise în 12.228 distincte 3 ‘ UTR din izoformele a 10.124 gene nematode.
6) site-uri țintă pentru 1100 microARN-uri umane.
7) site-uri țintă pentru 717 microARN-uri de șoarece.
8) site-uri țintă pentru 387 microARN de șobolan.
9) site-uri țintă pentru 186 microARN-uri cu muște de fructe.
10) site-uri țintă pentru 233 microARN nematode.
notă: predicțiile țintă microARN și datele de Expresie sunt disponibile ca fișiere delimitate de file. Consultați fila Descărcări de pe microRNA.org site-ul web.
cerințe de sistem
contactați producătorul.
Producător
- Centrul de Biologie computațională (cBio)
- Memorial Sloan Kettering Cancer Center
- York Avenue, Box #460
- New York, NY 10065 SUA
- Tel: +1 646 888 2602 sau +1 646 888 2606
- Faxuri: +1 646 422 0717 1275
site-ul web al producătorului microRNA.org website
pret contact producator.
G6G rezumat număr 20748
G6G număr Producător 104331