după ce compania Canalului Panama a dat faliment în 1888 în mijlocul acuzațiilor de fraudă, Bunau-Varilla a rămas blocat în Panama. S-a străduit să găsească o nouă modalitate de a construi Canalul. Când noua companie a Canalului Panama a apărut înapoi în Franța natală, Bunau-Varilla a navigat acasă, după ce a cumpărat o cantitate mare de acțiuni. Cu toate acestea, așa cum a făcut-o compania lui de Lesseps înainte, noua companie a Canalului Panama a abandonat curând eforturile de construire a canalului. A vândut terenul din Panama Statelor Unite, în speranța că compania nu va eșua în totalitate. Președintele SUA Grover Cleveland, un antiimperialist, a evitat problema canalului. Când cel mai susținător Theodore Roosevelt a devenit președinte în 1901, planificarea canalelor a fost reluată în Statele Unite. Bunau-Varilla a promovat energic un canal în Panama. Cu ajutorul avocatului New Panama Canal Company din New York, William Nelson Cromwell, el a convins guvernul să aleagă Panama ca site-ul canalului, spre deosebire de alternativa populară, Nicaragua. Când adversarii și-au exprimat interesul pentru construirea unui canal prin Nicaragua, care era o națiune mai puțin volatilă din punct de vedere politic, Bunau-Varilla a făcut lobby activ în Statele Unite, de exemplu prin distribuirea timbrelor poștale din Nicaragua cu vulcani eructați către senatori. Prin lobby-ul oamenilor de afaceri, oficialilor guvernamentali și publicului American, Bunau-Varilla a convins Congresul SUA să aloce 40 de milioane de dolari noii companii de Canal Panama, sub legea Spooner din 1902. Fondurile erau condiționate de negocierea unui tratat cu Columbia pentru a furniza terenuri pentru canal pe teritoriul său Panama.
separarea Panama De ColombiaEdit
Columbia a semnat Tratatul hay-Herr în 1903, cedând terenuri în Panama Statelor Unite pentru canal, dar Senatul Columbiei a respins ratificarea. Compania lui Bunau-Varilla era în pericol să piardă cele 40 de milioane de dolari din Legea Spooner și a întocmit planuri cu juntele Panameze din New York pentru război. În ajunul războiului, Bunau-Varilla redactase deja Constituția, steagul și instituția militară a noii națiuni și promisese să plutească întregul guvern pe propriul său carnet de cecuri. Designul steagului Bunau-Varilla a fost ulterior respins de Consiliul revoluționar panamez pe motiv că a fost proiectat de un străin. Deși s-a pregătit pentru un război civil la scară mică, violența a fost limitată. Așa cum a promis, președintele Roosevelt a interpus un american. flota navală între forțele columbiene la sud de istm și separatiștii panamezi.
controlul SUA asupra zonei canalului
Bunau-Varilla, în calitate de ambasador al Panama în Statele Unite, a fost investit cu puteri Plenipotențiare de către președintele Manuel Amador. În lipsa consimțământului oficial al Guvernului Panama, el a intrat în negocieri cu Secretarul de Stat american, John Hay, pentru a da controlul asupra zonei canalului Panama SUA. Niciun panamez nu a semnat rezultatul Tratatul Hay-Bunau-Varilla, deși a fost ratificat în Panama la 2 decembrie 1903. Bunau-Varilla își primise funcția de Ambasador prin asistență financiară pentru rebeli, nu locuise în Panama de șaptesprezece ani și nu s-a mai întors niciodată, ducând la acuzația că a fost „numit ministru prin cablu”. Panamezii s-au supărat mult timp pe încrederea trădată pusă în el de noile autorități Panameze. Tratatul a fost în cele din urmă anulat de tratatele Torrijos–Carter în 1977.