Avantajedit
când TopHat a ieșit pentru prima dată, a fost mai rapid decât sistemele anterioare. A cartografiat mai mult de 2,2 milioane de citiri pe oră CPU. Această viteză a permis utilizatorului să proceseze și întregul experiment ARN-Seq în mai puțin de o zi, chiar și pe un computer desktop standard. Tophat folosește Bowtie la început pentru a analiza citirile, dar apoi face mai mult pentru a analiza citirile care acoperă joncțiunile exon-exon. Dacă utilizați TopHat pentru datele ARN-Seq, veți obține mai multe citiri aliniate cu genomul de referință.
un alt avantaj pentru TopHat este că nu trebuie să se bazeze pe site-uri de îmbinare cunoscute atunci când aliniază citirile la un genom de referință.
Dezavantajedit
TopHat este într-o întreținere redusă, etapa de sprijin scăzut, și conține bug-uri de software care au dat nastere 3rd party post-procesare software pentru a corecta. A fost înlocuit de HISAT2, care este mai eficient și mai precis și oferă aceeași funcționalitate de bază (alinierea îmbinată a citirilor ARN-Seq).
protocoalele mai noi sunt mai eficiente acum, în comparație cu TopHat, cum ar fi butonii, steaua și limma.
