cei trei băieți adolescenți au fost acuzați de crimă și conspirație pentru a comite crimă. Un judecător a decis că ar trebui să fie judecați ca adulți. Au fost încarcerați timp de șase luni, în timp ce procurorii se pregăteau să-i judece. Cu toate acestea, în timp ce procesul lui Treadway urma să înceapă în ianuarie 1999, Testarea ADN tardivă a găsit trei picături din sângele lui Stephanie pe o cămașă aparținând lui Tuite. Pe baza noilor dovezi, acuzațiile împotriva băieților au fost respinse fără prejudecăți (ceea ce ar permite restabilirea acuzațiilor împotriva băieților la o dată ulterioară).
jenat de inversare, Poliția Escondido și procurorul districtului San Diego au lăsat cazul să dispară fără acuzații timp de doi ani. În 2001, procurorul districtual și departamentul șerifului din județul San Diego au cerut ca cazul să fie preluat de Departamentul de Justiție din California. În mai 2002, Procurorul General l-a acuzat pe Tuite de uciderea lui Stephanie. Procesul a început în februarie 2004. În prima zi de selecție a juriului, Tuite s-a îndepărtat de sala de judecată în timpul orei de prânz, după ce s-a eliberat de cătușe; a părăsit Tribunalul și s-a urcat într-un autobuz. A fost prins câteva ore mai târziu. La proces, acuzarea l-a legat pe Tuite de uciderea lui Stephanie prezentând atât dovezi circumstanțiale, cât și fizice, inclusiv dovezi că sângele lui Stephanie era pe hainele sale. Echipa de apărare a lui Tuite a susținut că băieții au ucis-o pe Stephanie și că sângele lui Stephanie a fost găsit pe hainele lui Tuite ca urmare a contaminării cauzate de munca nepăsătoare a poliției. La 26 mai 2004, juriul l-a achitat pe Tuite de crimă, dar l-a condamnat pentru infracțiunea mai mică inclusă de omor voluntar. Juriul a constatat, de asemenea, că a folosit o armă mortală, un cuțit. Instanța de judecată l-a condamnat pe Tuite la treisprezece ani de închisoare. Ulterior, i s-au adăugat încă patru ani la sentință din cauza încercării sale de zbor.
familiile celor trei băieți au dat în judecată orașele Escondido și Oceanside. Familia Crowes a ajuns la o înțelegere de 7,25 milioane de dolari în 2011. În 2012, judecătorul Curții Superioare Kenneth a făcut astfel rara hotărâre că Michael Crowe, Treadway și Houser erau de fapt nevinovați de acuzații, respingând definitiv dosarul penal împotriva lor.
Tuite și-a atacat condamnarea la Curtea de Apel din California și a ridicat mai multe pretenții, inclusiv o cerere conform căreia drepturile sale de al șaselea amendament au fost încălcate, deoarece i s-a interzis să interogheze complet un martor al acuzării. La 14 decembrie 2006, Curtea de Apel a afirmat într-o lungă opinie nepublicată. Curtea a constatat că judecătorul de proces a comis o eroare Constituțională în limitarea examinării încrucișate, dar a considerat eroarea inofensivă și a afirmat condamnarea. Curtea Supremă din California a respins revizuirea. Curtea Districtuală federală a respins petiția lui Tuite pentru habeas corpus. La 8 septembrie 2011, un grup al Curții de Apel a SUA pentru al nouălea Circuit a votat 2-1 pentru a răsturna condamnarea de omor a lui Tuite, hotărând că procesul a fost nedrept, deoarece judecătorul de proces a limitat examinarea încrucișată a unui martor al acuzării. Comisia a declarat în opinia sa: „având în vedere lipsa dovezilor care leagă Tuite de crimă, problemele cu probele ADN, impasul juriului și verdictul de compromis și greutatea și poziția strategică a mărturiei lui McCrary, acest caz este una dintre acele circumstanțe „neobișnuite” în care ne aflăm ” în echilibru virtual cu privire la inofensivitatea erorii.’O’ Neil împotriva McAninch, 513 SUA 432, 435 (1995). Trebuie să tratăm eroarea ca afectând verdictul și suntem obligați să acordăm ordinul.”Tuite v. Martel, nr. 09-56267. S-a constatat că, în timpul procesului, urmărirea penală nu a putut produce nicio urmă a casei pe îmbrăcămintea sau persoana inculpatului și nici nu a fost găsită nicio urmă a persoanei sau a îmbrăcămintei inculpatului în casă, fapte pe care Curtea de apel le-a citat care au condus la determinarea instanței de lipsă de probe.
Tuite a primit o rejudecare, care a început pe 24 octombrie 2013. În argumentele finale, avocatul său, Brad Patton, le-a spus juraților că Tuite nu a fost niciodată în casa Crowe și nu ar fi putut găsi dormitorul lui Stephanie în casa întunecată. În plus, anchetatorii nu i-au găsit amprentele sau ADN-ul în reședință. Patton a spus că Stephanie trebuie să fi fost ținută sub un mângâietor ca să tacă, în timp ce altcineva a înjunghiat-o. El a mai spus că experții au mărturisit că petele de sânge de pe cămășile lui Tuite nu erau acolo când acele cămăși au fost evaluate inițial și au ajuns acolo prin contaminare în timpul analizei locului crimei. Procurorul, Procurorul General Adjunct Alana Butler, a declarat în timpul argumentului său de închidere că Tuite se afla în zona Casei Crowe în noaptea în care Stephanie a fost ucisă. Bătea la uși și căuta o femeie pe nume Tracy, la care era supărat pentru că îl întorsese cu câțiva ani mai devreme. Era „obsedat și delirant”. Butler a spus Tuite rătăcit în casa Crowe la aproximativ 10 p.m. printr-o ușă deschisă. Odată ce a intrat în casă, ea nu a putut spune exact ce s-a întâmplat, dar el a intrat în dormitorul lui Stephanie și a înjunghiat-o de cel puțin nouă ori, iar sângele ei a fost găsit pe două cămăși pe care le purta când a fost contactat de poliție a doua zi.
la 5 decembrie 2013, juriul a returnat un verdict de nevinovăție. Ulterior, un jurat a spus că nu există dovezi că Tuite a fost vreodată în reședința Crowe în acea noapte și că jurații erau îngrijorați că sângele victimei ar fi putut ajunge pe cămășile sale prin contaminare, așa că s-au uitat cu atenție la această posibilitate.