Morgan fungerede som Ginsbergs personlige arkivar og bibliograf fra begyndelsen af 80’erne indtil forfatterens død af kræft i 1997. I løbet af deres 20-årige professionelle forhold blev Morgan ganske tæt på Ginsberg og har skrevet udførligt om Beat Generation og dens nøgletal.
Bill Morgans interesse for Beats går tilbage til begyndelsen af 1970 ‘ erne, da han gik i skole ved University of Pittsburgh. Til sin kandidatafhandling udarbejdede han en bibliografi over værkerne af Laurence Ferlinghetti, digter og ejer af City Lights Books, den berømte San Francisco boghandel og en af de vigtigste udgivere af de tidlige Beat-forfattere, især Allen Ginsberg. Efter at have afsluttet sin afhandling blev Morgan opfordret af redaktørerne ved University of Pittsburgh Press til at forfølge dette projekt med henblik på eventuel offentliggørelse. Han fortsatte faktisk sin forskning og arbejdede i tæt samarbejde med Ferlinghetti som sin personlige bibliograf, og efter et årti med forskning offentliggjorde han Lovrence Ferlinghetti: en omfattende bibliografi (Ny York: Garland Publishing, 1982).
i 1980 var Morgan flyttet til Ny York City. Mens han stadig arbejdede på Ferlinghetti-bogen, havde San Francisco-digteren henvist ham til Allen Ginsberg, hvis eget personlige bibliotek og arkiv var uvurderlige kilder til information om Beats. Tidlige konsultationer med digteren voksede til et varigt forhold, der varede fra begyndelsen af 1980 ‘ erne til Ginsbergs død i 1997. I løbet af disse år tjente Morgan som Ginsbergs arkivar og bibliograf og hjalp digteren med at organisere og vedligeholde sit stadigt stigende bibliotek og optegnelser. Som Ginsbergs bibliograf tilbragte Morgan femten år med at korrespondere med og besøge adskillige udgivere, redaktører, lærde og bibliotekssamlinger for at indsamle tilstrækkelig information til at dokumentere historien om Ginsbergs vidunderlige produktion og den verdensomspændende opmærksomhed, den har trukket. Resultaterne af hans forskning optrådte i en to-binds bibliografi: Allen Ginsbergs værker, 1941-1994: en beskrivende bibliografi og svaret på Allen Ginsberg, 1926-1994: en bibliografi over sekundære kilder (Vestport, Conn. 1995, 1997). I 2006 offentliggjorde Morgan Jeg fejrer mig selv: Allen Ginsbergs noget Private liv (Viking, 2006). Han fulgte det i 2010 med skrivemaskinen er hellig: Beat generationens komplette, ucensurerede historie (Ny York, NY: Free Press, 2010).
Morgan har også skrevet eller redigeret et halvt dusin andre værker, der vedrører Beats, herunder samlinger af Ginsbergs essays (bevidst prosa: udvalgte Essays, 1952-1995, Ny York: HarperCollins, 2000), af digterens sidste digte (død & berømmelse: digte, 1993-1997; coedited med Bob Rosenthal og Peter Hale, Ny York: HarperFlamingo, 1999) og af Gregory Corsos korrespondance (en utilsigtet selvbiografi: Gregory Corsos udvalgte breve, Ny York: nye retninger, 2003). Gennem City Lights i San Francisco, han har udgivet to guider, Beat Generation i Ny York: En vandretur i Jack Kerouacs by (1997) og Beat Generation i San Francisco: en litterær tur (2003). Sidstnævnte dukkede op under halvtredsårsdagen for byens lys, som Morgan også bidrog med en række gratis vandreture i North Beach-sektionen i San Francisco, engang et centrum for bohemsk liv i byen og hjem for mange af Beats i 1950 ‘erne og 1960’ erne.
i løbet af sine årtiers forskning på Beats samlede Morgan måske de største private samlinger af trykte værker af og om Ferlinghetti og Ginsberg i private hænder. Han fandt det stadig vanskeligere at opretholde disse to meget store og værdifulde samlinger i sin nye lejlighed og besluttede modvilligt at dele med dem. Da han vidste, at Ferlinghetti var en UNC-Chapel Hill-alumn, besluttede han i efteråret 2001 at tilbyde sin samling af San Francisco-digteren til University of North Carolina i Chapel Hill libraries. Diskussioner med bibliotekets embedsmænd førte til overførsel af samlingen til Chapel Hill i December samme år, dels som salg og dels som gave. Tilfreds med resultatet tilbød Morgan derefter et lignende arrangement for sin endnu mere omfattende Allen Ginsberg-samling. Materialerne blev leveret til den sjældne bogsamling i August 2002.