Clue-mobilapplikationen beregner og forudsiger en brugers periode, frugtbare vindue og præmenstruelt syndrom. Det informerer også brugerne om det mest eller mindst sandsynlige tidspunkt for at blive gravid og giver dem mulighed for at spore mere end 30 sundhedskategorier, inklusive køn, søvn, smerte, motion, hår, hud, fordøjelse, følelser og energi. Appen kan også forklare, hvordan pilledoser påvirker fertiliteten og inkluderer et alarmsystem, der giver mulighed for påmindelser om at tage piller.
i 2015 lukkede virksomheden en Serie A-finansieringsrunde og annoncerede planer om at bruge provenuet til at udvide funktionerne i mobilappen og ansætte mere personale. Clue samarbejdede også med universiteter som Stanford, Columbia University, University of Chicago og University of California for at fremme Kvindelig sundhedsforskning.
Clue integreret med Apple Inc.’s HealthKit til iOS 9 i September 2015, der tillader data som kropstemperatur, cervikal slimkvalitet, menstruation, ægløsningstestresultater, seksuel aktivitet og spotting direkte til appen.
i 2016 var Clue tilgængelig på 15 sprog på både iOS og Android. Samme år introducerede Clue en cyklusdelingsfunktion og i 2017 en pille-tracking mulighed.
i februar 2018 gjorde Clue sin app tilgængelig på Fitbit Ionic Smartur.