a toparts Begomovirus
DNA-A af toparts geminivirus koder for to proteiner (AV1 og AV2) i virion–forstand og fire proteiner (AC1-AC4) i komplementær forstand; DNA-B koder for et protein hver (BV1 og BC1) i henholdsvis virion og komplementær forstand (figur 6.40 a). I MYMV DNA-A er der to transkripter i virion-forstand (Shivaprasad et al., 2005). Produktet fra ORF AV1 oversættes fra et transkript, der starter ved position 141, og det for AV2 fra et transkript, der starter ved position 137 (figur 6.40B). Da initieringskodonet for AV2 er i position 141, ville Oversættelse ikke være i stand til at starte fra det kortere transkript, da der ikke ville være nogen ledersekvens. En lignende situation med utæt scanning vedrører mymv DNA-B virion-sense transkription og oversættelse med utæt scanning af kort ORF BV2 bliver omgået til oversættelse af BV1.
komplementær sense-transkription er meget mere kompleks og giver anledning til flere overlappende RNA’er med fælles 3′-ender, men forskellige i deres 5 ‘ -ender. De tre komplementære-sense RNA ‘ er fra TGMV-B DNA oversættes alle til at give protein BC1, mens de fra DNA-A har forskellige kodningskapaciteter. Det største transkript, AC61 (udskrifter er betegnet i henhold til deres 5’-ender, så AC61 er fra den komplementære side af DNA-a startende ved nukleotid 61), der dækker hele venstre side af DNA-A og er det eneste RNA, der giver Rep-protein i fuld længde (se Kapitel 7, afsnit VIII, D, 4 for Rep-proteiner). AC2540 og AC2515 kan udtrykke ORF AC4, og de mindste RNA ‘ er (AC1935 og AC1629) angiver henholdsvis AC2 fra deres første ORF og AC3 fra deres anden ORF., 2000; Shung et al., 2006). Ac1629-promotoren indeholder et konserveret bindingssted for nukleare proteiner fra tobak og Arabidopsis, som er nødvendigt for ekspressionen af AC2 og AC3 (Tu og Sunter, 2007). Imidlertid udtrykkes AC2 kun fra AC1629-transkriptet, mens AC3 udtrykkes fra begge transkripter. Det antages, at AUG translation initiation codons inden for 5’ UTR af AC1935 transkription kan regulere ekspressionen af disse genprodukter (Shung og Sunter, 2009). MYMV DNA-A har to store komplementære sense-transkripter, en starter ved position 2649, som anses for at være bicistronic transkript for AC1 og AC4 og en på begge positioner 1649 eller 1646, som er bicistronic transkript for AC2 og AC3 (figur 6.40 B) (Shivaprasad et al., 2005). TGMV DNA-B har tre komplementære sense-transkripter til BC1 (figur 6.40 a) (Hanley-Buedoin et al., 2000). MYMV BC1 er oversat fra et splejset komplementært sense-transkript (figur 6.40 B) (Shivaprasad et al., 2005). En femte formodet ORF (AC5) blev identificeret i komplementær forstand af DNA-A af masseødelæggelsesvåben og ToCMoV, men der blev ikke fundet nogen aktivitet eller transkription for det (Kheyr-Pour et al., 2000; Fontelle et al., 2007).
der er karakteristiske eukaryote RNA-polymerase II-promotorsekvenser i den fælles region opstrøms for de toparts begomovirus mRNA ‘ er i hver af de to DNA-komponenter., 2000; Shivaprasad et al., 2005). Denne promotorregion er tovejs. Transkription af hver af RNA’er initierer 20-30 bp nedstrøms for TATA-boksmotiverne, mens de andre har sekvenser, der ligner initiatorelementer, der overlapper deres 5’ – ender. Initiativtagerne til tgmv komplementær-sense AC61 og AC1629 mRNA ‘er og for virion-sense AV1 og BV1 RNA’ er er blevet undersøgt i detaljer. AC 61-promotoren kortlægger TGMV-en fælles region og understøtter høje niveauer af transkription. Deletionsmutagenese viste, at det meste af dets aktivitet boede i 60 bp umiddelbart forud for AC61-transkriptionsstartstedet, et område, der overlapper oprindelsen af (+) – streng DNA-syntese (se Kapitel 7, afsnit VIII, D, 2). Disse mutationer i både værtsfaktorbindingssekvenserne og i den reducerede promotorfunktion i G-boksen viste de tætte interaktioner mellem transkription og replikation.
der er forskellige mekanismer, der regulerer disse promotorers aktiviteter. AC61-promotoren autoreguleres gennem Rep-bindingsstedet, hvor undertrykkelsen er specifik for det homologe Rep-protein og menes at involvere aktiv interferens med transkriptionsapparatet og ikke kun sterisk hindring. AC4-proteinet regulerer også denne promotor negativt, idet det involverede cis-element er opstrøms for G-boksen og adskiller sig fra Rep-bindingsstedet. Denne undertrykkelse af opstrøms transkription forbedrer AC2 og ASC3 ekspression i TGMV (Shung and Sunter, 2007). De analoge promotorer af de fleste andre begomovirus er sandsynligvis reguleret af lignende mekanismer, men nogle af dem er forskellige i detaljer., 2000; Shivaprasad et al., 2005; Usharani et al., 2006). BC1-promotorsekvenserne ligner AC61-promotoren, men adskiller sig i transkriptionsstartstedet, og ved at Rep-proteinet ikke regulerer det.
Begomovirus AC2 er et viralt transkriptionsprotein (betegnet fælde), der transaktiverer i trans de sene virale gener AV1 (koder for CP) og BV1 (koder for nukleart shuttle-protein (NSP)) på henholdsvis DNA-A og DNA-B (Haley et al., 1992; Sunter og Bisaro, 1992). TGMV-og CaLCV AC2-genet aktiverer CP-promotoren i mesofylvæv og afpresser promotoren i vaskulært væv (Lacatus and Sunter, 2008). To uafhængige sekvenser inden for AC2 binder nukleare proteiner fra en række værter. Det menes, at dimerisering af AL2 sammen med phosphorylering af dette protein modulerer dets evne til at interagere med cellulært protein og således fungere i reguleringen af CP-produktion (Yang et al., 2007; Lacatus og Sunter, 2008). En undersøgelse af tgmv AV1-promotoren i transgene planter viste, at dens regulering er kompleks og styres forskelligt i forskellige væv (Sunter og Bisaro, 1997). De venstre og højre promotorer på MYMV DNA-B deler den AC2-responsive region, som ikke overlapper den fælles region (Shivaprasad et al., 2005).