Stojko begyndte skøjteløb i en alder af fire og vandt sit første trofæ, da han var elleve.
1990-91 til 1992–93redit
ved verdensmesterskabet i 1991 blev Stojko den første person til at lande en firdobbelt-dobbelt springkombination. Han sagde senere, at han havde studeret VHS-bånd af Kurt Brunning, Brian Boitano, Aleksandr Fadeyev og Josef Sabov Lirka for at hjælpe ham med at mestre firbenet.
ved Vinter-OL 1992 i Albertville, sluttede han 7.på trods af at han skøjte en teknisk stærk rutine, men en måned senere optrådte han første gang på et stort internationalt podium, da han placerede sig på tredjepladsen ved verdensmesterskabet i 1992 bag vinderen Viktor Petrenko og Kurt bruning. I 1993 ved verdensmesterskabet i kunstskøjteløb sluttede han på andenpladsen, endnu en gang bag Kurt bruning.
1993-94 sæson: Sølv ved OL og første verdensmesterskabrediger
ved 1994 Canadiske mesterskaber i Edmonton, Stojko besejrede Kurt bruning i den gratis skøjte for at vinde sin første nationale titel. Ved Vinter-OL 1994 i Norge på Hamar Olympiske amfiteater, skøjte han godt nok i det korte program til at placere andenpladsen og satte ham i god position på vej ind i den gratis skøjte, efter tre af de præ-olympiske favoritter (Brian Boitano, Viktor Petrenko & Kurt Brunning) havde skuffende korte programmer. Stojko havde en stærk præstation i den frie skøjte, på trods af at han sprang en planlagt tredobbelt akselkombination (som han senere erstattede med at lave en anden tredobbelt Akselkombination spontant) og vandt sølvmedaljen. Stojko kom ind i 1994 verdensmesterskab i Chiba, Japan, som favorit og vandt sit første verdensmesterskab med en forestilling, der omfattede endnu et firedoblet Spring.
1994-95 sæson: anden verdensmesterskabrediger
Stojko pådrog sig en alvorlig ankelskade under træning til 1995 Canadiske mesterskaber, men var fast besluttet på at konkurrere alligevel. Han begyndte sit korte program, men var ikke i stand til at gennemføre det på grund af skaden og blev tildelt farvel til verdensmesterskabet i 1995. Hans Verdensmesterskabsskøjte i 1995 betragtes som en af hans mest imponerende konkurrencedygtige udflugter, fordi han afsluttede sin fulde rutine på trods af sin stadig uhelbredte skade. Selvom han var på andenpladsen efter det korte program bag amerikaneren Todd Eldredge, vandt Stojko den gratis skøjte – og hans andet verdensmesterskab – med en forestilling, der omfattede en tredobbelt kombination af Triple-Triple toe loop i de afsluttende sekunder af hans program.
1995-96 sæsonrediger
ved verdensmesterskabet i 1996 i Edmonton, Alberta, Stojko faldt på sit tredobbelte akselkombo-spring og efterlod ham på syvende plads efter det korte program. I det gratis program inkluderede han en firdoblet hoppekombination (den eneste i konkurrencen) og flyttede ham helt op til fjerde lige ved podiet bag amerikaneren Rudy Galindo, der vandt bronsen. Hans firdobbelt tåsløjfe-tredobbelt tåsløjfe var den første nogensinde udført af en skater i en større konkurrence.
1996-97 sæson: Champions Series titleEdit
Stojko vandt finalen i Champions Series 1996-97 i Hamilton, Ontario, skøjteløb til filmens soundtrack af “Dragon Heart”. To andre skatere landede også firespring under den frie skøjte (Ilia Kulik og Aleksej Urmanov), men ikke i kombination som Stojko gjorde.
ved verdensmesterskabet i 1997 havde han igen et stærkt kort program og placerede fjerde i fri. Ca. halvvejs gennem den frie skøjte trak Aleksej Urmanov, leder efter det korte program, sig ud af begivenheden med en skade, mens Ilia Kulik i tredje omgang havde en forestilling, der satte ham ud af strid. Stojko tog derefter isen og landede sin firedobbelte kombination for at tjene to perfekte score på 6,0 og en anden verdensmesterskab.
1997-98 sæson: sølv ved Nagano OlympicsEdit
Stojko trådte ind i vinter-OL 1998 i Nagano, Japan som den tunge favorit og forventedes at blive den første Canadiske mand, der vandt en olympisk guldmedalje. Han afslørede ikke for medierne, at han havde lidt en lyskeskade og også var ved at komme sig efter en flu, der havde ramt mange andre atleter under legene. Han var ude af stand til at tage smertestillende medicin på grund af muligheden for at fejle sin lægemiddeltest. Han sagde senere i en samtale, at han allerede følte sig stiv og øm under opvarmningen forud for det lange program, og nedgraderede derfor sin planlagte firedoblede tåsløjfe til en tredobbelt, sandsynligvis koster ham en chance for guld. Senere i programmet, ved landing af en tredobbelt aksel, forværrede Stojko skaden yderligere og sagde, at han “følte noget snap.”Han formåede stadig at gennemføre yderligere fire tredobler efter dette punkt og vandt sølvmedaljen.
i februar 1998 udgav Stojko en bog, hjerte og sjæl, om sin karriere.