Ernest Renan voksede op i den mystiske, katolske franske provins Bretagne, hvor keltiske myter kombineret med sin mors dybt erfarne katolicisme fik dette følsomme barn til at tro, at han var bestemt til præstedømmet. Han blev uddannet på det kirkelige college i tr Kurtguier, dimitterede i 1838 og tog derefter til Paris, hvor han fortsatte de sædvanlige teologiske studier ved St-Nicolas-du-Chardonnet og ved St-Sulpice. I sine erindringer om barndom og ungdom (1883) fortalte han den åndelige krise, han gennemgik, da hans voksende interesse for videnskabelige studier af Bibelen til sidst gjorde ortodoksi uacceptabel; han blev snart vundet over til den nye “videnskabsreligion”, en omvendelse fremmet af hans venskab med kemikeren P. E. M. Berthelot.
Renan opgav seminariet og fik sin doktorgrad i filosofi. På dette tidspunkt (1848) skrev han videnskabens fremtid, men offentliggjorde den først i 1890. I dette arbejde bekræftede han en tro på de vidundere, der skulle frembringes af en videnskab, der endnu ikke var realiseret, men som han var sikker på ville komme.
arkæologiske ekspeditioner til Mellemøsten og yderligere studier i Semitik førte Renan til et koncept for religiøse studier, som senere ville blive kendt som komparativ religion. Hans var en antropomorf opfattelse, først offentliggjort i hans Jesu liv (1863), hvor han portrætterede Kristus som et historisk fænomen med historiske rødder og havde brug for en rationel, ikke-mystisk forklaring. Med sin karakteristiske smidighed af intellekt, denne dybt fromme agnostiker skrev et dybt irreligiøst værk, der mistede ham sit professorat i den dominerende katolske atmosfære i det andet imperium i Frankrig.
Jesu liv var åbningsvolumenet af Renans historie om kristendommens oprindelse (1863-1883), hans mest indflydelsesrige arbejde. Hans grundlæggende tese var, at alle religioner er sande og gode, for alle legemliggør menneskets ædleste forhåbninger: han opfordrede hver mand til at udtrykke disse sandheder på sin egen måde. For mange gjorde en læsning af dette arbejde religion for første gang levende sandhed; for andre gjorde det religiøs overbevisning umulig.
Frankrigs nederlag i den fransk-preussiske krig 1870-1871 var for Renan, som for mange franskmænd, en dybt desillusionerende oplevelse. Hvis Tyskland, som han ærede, kunne gøre dette mod Frankrig, som han elskede, hvor lå godhed, skønhed eller sandhed? Han blev dybt skeptisk, men med smertefuld ærlighed nægtede han at benægte, hvad der syntes at ligge foran ham, i stedet for at “sandheden er måske trist.”Han forblev sympatisk over for kristendommen og udtrykte det måske mest bevægende i sin bøn om Akropolis i Athen (1876), hvor han bekræftede sin vedvarende tro på sindets græske liv, men tilstod, at hans uundgåeligt var en større verden med sorger ukendt for gudinden Athena; derfor kunne han aldrig være en sand søn af Grækenland, mere end nogen anden moderne.