hvornår, hvor og hvor meget et gen udtrykkes styres primært af interaktionen mellem cis-regulatoriske DNA-sekvenser med transregulerende transkriptionsfaktorer (TFs). Ændringer i TF-bindingssteder bidrager til sygdomstilstande, fænotypisk mangfoldighed blandt raske individer og divergerende fænotyper mellem arter. På trods af deres betydning forbliver der mange spørgsmål om den måde, hvorpå cis-regulatoriske DNA-sekvenser oversætter TF-binding til transkriptionel aktivitet (Vittkopp og Kalay 2012). Den hurtige udvikling af gule forstærkere giver os en glimrende mulighed for at studere udviklingen af cis-regulatoriske sekvenser (Vittkopp et al. 2002; Gompel et al. 2005).
brug af reportergener i D. melanogaster opdagede vi, at placeringen af vævsspecifikke forstærkere af pigmenteringsgenet gul har ændret positioner i genomet blandt arter (se figur) (Kalay og Vittkopp 2010). Sekvensanalyse antydede, at dette var mere sandsynligt på grund af den gradvise gevinst og tab af transkriptionsfaktorbindingssteder end duplikationer eller omlejringer. Dette giver os mulighed for at bruge disse regioner til at sammenligne DNA-sekvens, TF-binding og cis-regulerende aktivitet blandt sekvenser, der uafhængigt har erhvervet den samme funktion såvel som blandt ortologe DNA-sekvenser, hvis funktioner er divergeret.
i øjeblikket analyserer vi (1) gær-1-hybriddata, der identificerer TF ‘ er, der binder til artsspecifikke forstærkere af gule, (2) lokaliserende sekvenser, der er ansvarlige for vævsspecifik aktivitet inden for hver forstærkerregion, og (3) ved hjælp af information opnået fra dette arbejde til at belyse udviklingsmekanismer, der styrer abdominal mønster under puppeudvikling.