Indeksfossiler (også kendt som vejledningsfossiler eller områdefossiler) er fossiler, der bruges til at definere og identificere geologiske perioder (eller faunale stadier). De arbejder ud fra den forudsætning, at selvom forskellige sedimenter kan se forskellige ud afhængigt af de betingelser, hvorunder de blev lagt ned, kan de omfatte resterne af den samme fossile Art. Hvis de pågældende arter var kortvarige (i geologiske termer, der varede et par hundrede tusinde år), er det sikkert, at de pågældende sedimenter blev deponeret inden for den snævre tidsperiode. Jo kortere levetid for en art, jo mere præcist forskellige sedimenter kan korreleres, og så hurtigt udviklende typer fossiler er særligt værdifulde. De bedste indeksfossiler er almindelige, let at identificere på artsniveau, og har en bred fordeling-ellers er sandsynligheden for at finde og genkende en i de to sedimenter lav.
ammonitter passer godt til disse krav og er de mest kendte fossiler, der er blevet brugt i vid udstrækning til dette. Andre vigtige grupper, der leverer indeksfossiler, er koraller, graptolitter, brachiopoder, trilobitter og echinoider (søpindsvin). Conodonts kan identificeres af eksperter, der bruger lysmikroskopi, således at de kan bruges til at indeksere en given prøve med god opløsning. Terrestriske fossiler, såsom pattedyrs tænder, er også blevet brugt.
geologer bruger både store fossiler (kaldet makrofossiler) og mikroskopiske fossiler (kaldet mikrofossiler) til denne proces, kendt som biostratigrafi. Makrofossiler har den fordel, at de er lette at se i marken, men de er sjældnere, og mikrofossiler bruges meget ofte af olieprospektorer og andre industrier, der er interesseret i mineralressourcer, når der er behov for nøjagtig viden om alderen på de klipper, der ses på.
fælles indeks fossiler
| Fossil | Videnskabeligt navn | tidsperiode | millioner år siden |
|---|---|---|---|
 Ammonit |
Ammonitjeletter | sen Silurisk til tidlig Devonian | 400 MYA |
 Trilobit |
Trilobit | kambriske æra | 540 MYA |