Cleaver var ansvarlig for at arrangere en studenterkonference på Fisk University i Nashville, Tennessee. På konferencen mødte Cleaver informationsministeren for Black Panther Party, Eldridge Cleaver, der talte på konferencen. Han var lige kommet ud af fængslet og udgivet Soul On Ice. Hun flyttede til San Francisco i November 1967 for at deltage i Black Panther Party, og bare halvanden måned senere, lige efter jul, var Eldridge og Kathleen gift. Hun sluttede sig omkring tre til fire uger efter, at Huey blev anklaget for at have dræbt en Oakland-politimand i en forudtegnet shootout. Det var i San Francisco, At Kathleen blev partiets Kommunikationssekretær og arbejdede med at organisere demonstrationer, skabe pjecer, afholde pressekonferencer, designe plakater og tale ved stævner og på TV. Cleaver anvendte alt, hvad hun lærte fra SNCC til Black Panther Party. Hun skabte stillingen selv, motiveret af Julian Bond i SNCC. På trods af at over to tredjedele af Black Panthers-medlemmerne var kvinder, var Cleaver en af kun få, der havde ledende stillinger inden for partiet. Cleaver blev kommunikationssekretær og det første kvindelige medlem af partiets beslutningsorgan. Hun fungerede også som talsmand og pressesekretær. Hun organiserede især den nationale kampagne for at befri partiets forsvarsminister, Huey Nyton, der blev fængslet. Kathleen Neal Cleaver var blandt en lille gruppe kvinder, der var fremtrædende i Black Panther Party, som omfattede Elaine brun og Ericka Huggins.
det første store angreb mod Black Panther Party var i 1960 ‘erne af Los Angeles’ første hold nogensinde. Som et par år gik, var i 1971 næsten 30 af medlemmerne af black panther party blevet dræbt. Cleaver havde en vanskelig tid med at helbrede fra så mange af hendes kollegers bortgang og er blevet følelsesmæssigt arret. Hvad hjalp hende mest gik til roden af det hele, som var at finde, hvor angst og traumer kom fra. Som tiden gik, var der en gruppe kvinder fra Black Panther Party, herunder Cleaver, som ville mødes og diskutere, hvad der skete med dem, genoprette deres helbred og for at komme sig efter de skader og traumatiske oplevelser, de stod overfor i 1968 (samme år løb hendes mand til præsident på Peace and Freedom ticket) hun løb for Californiens 18.statsforsamlingsdistrikt, også som kandidat til Peace and Freedom party. Cleaver modtog 2.778 stemmer for 4,7% af den samlede stemme og sluttede på tredjepladsen i et fire-kandidatløb.
som et resultat af deres engagement i Black Panther Party var Cleavers ofte målet for politiets efterforskning. Cleavers ‘ lejlighed blev plyndret i 1968 før en Panther rally af San Francisco taktiske trup på mistanke om at skjule våben og ammunition. Senere samme år iscenesatte Eldridge Cleaver et bevidst baghold af Oakland-politibetjente, hvor to politibetjente blev såret. Cleaver blev såret og kollega Black Panther medlem Bobby Hutton blev dræbt i en shootout efter den første udveksling af skud. Anklaget for mordforsøg sprang han kaution for at flygte til Cuba og rejste senere til Algeriet.
da Cleaver vendte tilbage til USA, sagde han, at shootout var et bevidst baghold mod politiet. Den samme forfatter, der brød nyheden om denne påstand, tvivlede på dens sandhed, fordi det var i sammenhæng med en ukarakteristisk tale, hvor Cleaver sagde “Vi har brug for politi som helte”, og sagde, at han fordømte civile revisionstavler for politiets skyderier af den grund, at “det er et gummistempel for mord.”Forfatteren spekulerer i, at det kunne have været en løn til Alameda County justice system, hvis dommer kun få dage tidligere havde givet Eldridge Cleaver prøvetid i stedet for fængselstid; Cleaver blev dømt til samfundstjeneste efter at være blevet anklaget for tre tilfælde af overfald mod tre Oakland-politibetjente. “Bobby Hutton blev skudt mere end tolv gange, efter at han allerede havde overgivet sig og strippet ned til sit undertøj for at bevise, at han ikke var bevæbnet.”Under Kathleen Cleavers tid med Black Panther Party hjalp hun med at fodre folk, leverede lægehjælp til familier og tog familier til at besøge kære i fængsel. Hun “hjalp også med at sammensætte helbredende tilbagetrækninger for kvinder, der havde været i Black Panther Party, kvinder, der havde boet under jorden, som var blevet tortureret, som var blevet forvist”