microRNA.org hjemmeside
Kategori Cross-Omics> vidensbaser/databaser / værktøjer
abstrakt den microRNA.org hjemmesiden er en omfattende ressource (database) af microRNA mål forudsigelser og udtryk profiler.
målforudsigelser er baseret på en udvikling af miRanda-algoritmen, der inkorporerer den nuværende biologiske viden om målregler og om brugen af et opdateret kompendium af pattedyrsmikrorna ‘ er (se nedenfor…).
målstederne forudsagt af miRanda er scoret for Sandsynlighed for mRNA nedregulering ved hjælp af mirSVR, en regressionsmodel, der er trænet i sekvens og kontekstuelle træk ved det forudsagte miRNA::mRNA dupleks (se nedenfor…)
Ekspressionsprofiler er afledt af et omfattende sekventeringsprojekt af et stort sæt pattedyrvæv og cellelinjer af normal og sygdomsoprindelse.
denne hjemmeside giver brugerne mulighed for at udforske:
1) det sæt gener, der potentielt reguleres af et bestemt mikroRNA.
2) samtidig forekomst af forudsagte målsteder for flere mikroRNA ‘ er i et mRNA.
3) microRNA-ekspressionsprofiler i forskellige pattedyrvæv.
ny version af Miranda target prediction algorithm —
Target forudsigelser udføres ved hjælp af miRanda algoritme, der beregner optimal sekvens komplementaritet mellem et sæt af modne mikroRNA ‘ er og en given mRNA ved hjælp af en vægtet dynamisk programmering algoritme.
For yderligere detaljerede oplysninger om målforudsigelse(er), se papiret: microRNA.org ressource: mål og udtryk. 2008 Jan; 36 (Databaseudgave): D149-53.
der har været flere mindre rettelser og forenklinger til miRanda kildekode. Ændringer inkluderer:
1) standard kommandolinjeargumenter ændret til-sc 140-go -9-ge -4-en 1 (ingen energifiltrering);
2) grænse for UTR længde fjernet;
3) Overlap filtrering af forudsagte målsteder strammet; kræver overlapning i frøområdet for at filtrere; og
4) forskydninger korrigeret i “score for denne scanning” outputlinjer og-keyval output.
forudsigelse af målsteder af miRanda —
på grund af hjemmesidegrænsefladens mere fleksible filtrering af forudsagte målsteder har producenterne brugt en justeringsscore-tærskel på 120 i stedet for den tidligere tærskel på 140.
som standard vil hjemmesidegrænsefladen filtrere mange af disse lavere scoringssteder ud, men du har flere kriterier, som kan justeres, så du kan se dem.
Scoring af forudsagte målsteder ved mirSVR —
detaljer om mirSVR-scoringsmetoden findes i papiret: Omfattende modellering af microRNA-mål forudsiger funktionelle ikke-konserverede og ikke-kanoniske steder. Betel D, Koppal A, Agius P, Sander C, Leslie C., Genombiologi 2010 11: R90.
kort sagt er mirSVR en ‘regressionsmodel’, der beregner en vægtet sum af et antal sekvens-og kontekstfunktioner i det forudsagte Mirna::mRNA-dupleks. Funktionerne er bredt opdelt i tre (3) typer:
1) Dupleksfunktioner, der inkluderer baseparring i frøområdet og 3 ‘ ende af miRNA;
2) Sekvensfunktioner, der inkluderer A/U-sammensætning nær målstederne og sekundær strukturtilgængelighed; og
3) globale funktioner såsom længden af UTR, relativ placering af målstedet i UTR og bevaringsscore.
mirSVR nedreguleringsresultater kalibreres for at korrelere lineært med omfanget af nedregulering og muliggør derfor nøjagtig scoring af gener med flere målsteder ved simpel tilføjelse af de individuelle målscorer.
desuden kan scorerne fortolkes som en empirisk Sandsynlighed for nedregulering, som giver en meningsfuld vejledning til valg af en score cutoff.
derudover muliggør den sammensatte tilgang til miRanda-genererede justeringer og mirSVR-score en fornuftig forudsigelse af ikke-kanoniske steder (dem med mismatch eller GU vingler i frøområdet) uden at sprænge antallet af falske forudsigelser.
August 2010 udgivelsen af microRNA.org inkluderer alle målstedsforudsigelser, der enten har et 6-mer eller bedre frøsted eller en mirSVR-score = -0.1.
MirSVR tager hensyn til bevarelse, når man beregner en score, så der er ikke længere nogen foruddefineret cutoff til filtrering af målsteder.
brugerne er dog i stand til at begrænse grænsefladevisningen ved hjælp af bevarelse som kriterium. Bestemmelsen af bevaringsscore for forudsagte målsteder er nu følsom over for steder, der spænder over intronkryds.
August 2010 udgivelsen af microRNA.org indeholder:
1) 16,228,619 forudsagte microRNA-målsteder i 34.911 distinkte 3 ‘ UTR fra isoformer af 19.898 humane gener.
2) 7.459.149 forudsagde microRNA-målsteder i 28.287 distinkte 3 ‘ UTR fra isoformer af 19.231 musegener.
3) 586.068 forudsagte mikroRNA-målsteder i 6.865 adskilte 3 ‘ UTR fra isoformer af 6.256 rottegener.
4) 345.671 forudsagde microRNA-målsteder i 12.285 distinkte 3 ‘ UTR fra isoformer af 10.532 frugtflyvegener.
5) 230.901 forudsagte microRNA-målsteder i 12.228 distinkte 3 ‘ UTR fra isoformer af 10.124 nematodegener.
6) målsteder for 1.100 humane mikroRNA ‘ er.
7) målsteder for 717 musemikrorna ‘ er.
8) målsteder for 387 rotte mikroRNA ‘ er.
9) målsteder for 186 frugtfly-mikroRNA ‘ er.
10) målsteder for 233 nematodemikrorna ‘ er.
Bemærk: microRNA-målforudsigelserne og ekspressionsdataene er tilgængelige som tabulatorafgrænsede filer. Se fanen overførsler på microRNA.org hjemmeside.
systemkrav
kontakt producent.
producent
- Computational Biology Center (cBio)
- Memorial Sloan Kettering Cancer Center
- York Avenue, boks #460
- Ny York, NY 10065 USA
- Tel: +1 646 888 2602 eller +1 646 888 2606
- Helle: +1 646 422 0717 1275
producentens hjemmeside microRNA.org hjemmeside
pris Kontakt producent.
G6G abstrakt nummer 20748
G6G producent nummer 104331