de tre teenagedrenge blev anklaget for mord og sammensværgelse for at begå mord. En dommer besluttede, at de skulle prøves som voksne. De blev fængslet i seks måneder, da anklagere var parat til at prøve dem. Da Løbebanens retssag var ved at begynde i januar 1999, fandt forsinket DNA-test tre dråber Stephanie ‘ s blod på en skjorte, der tilhørte Tuite. Baseret på de nye beviser blev anklagerne mod Drengene afvist uden fordomme (hvilket ville gøre det muligt at genindføre anklager mod drengene på et senere tidspunkt).
flov over tilbageførsel, Escondido politiet og San Diego County District Attorney lad sagen sygne hen uden afgifter i to år. I 2001 distriktsadvokaten og San Diego County Sheriff ‘ s Department bad om, at sagen blev overtaget af Californiens justitsministerium. I maj 2002 anklagede Rigsadvokaten Tuite for at have myrdet Stephanie. Retssagen begyndte i februar 2004. På den første dag i juryudvælgelse, Tuite gik væk fra retssalen holding-tank i frokosttiden efter at have befriet sig fra håndjern; han forlod retsbygningen og gik ombord på en bus. Han blev fanget timer senere. Under retssagen forbandt anklagemyndigheden Tuite med Stephanies drab ved at fremlægge både omstændigheder og fysiske beviser, herunder bevis for, at Stephanies blod var på hans tøj. Tuites forsvarsteam hævdede, at drengene havde dræbt Stephanie, og at Stephanies blod blev fundet på Tuites tøj som et resultat af forurening forårsaget af skødesløst politiarbejde. Den 26.maj 2004 frikendte juryen Tuite for mord, men dømte ham for den mindre inkluderede lovovertrædelse af frivilligt drab. Juryen fandt også, at han brugte et dødbringende våben, en kniv. Retssagen dømte Tuite til tretten års fængsel. Han fik efterfølgende yderligere fire år tilføjet dommen på grund af hans flyforsøg.
familierne til alle tre drenge sagsøgte byerne Escondido og Oceanside. Kragen nåede et forlig på 7,25 millioner dollars i 2011. I 2012 gjorde Superior Court dommer Kenneth så den sjældne afgørelse, at Michael krage, løbebånd og Houser faktisk var uskyldige af anklagerne og permanent afskedigede straffesagen mod dem.
Tuite appellerede sin dom til appelretten i Californien og rejste flere krav, herunder en påstand om, at hans sjette ændringsrettigheder blev krænket, fordi han var udelukket fra fuldt ud at krydsforhøre et anklagemyndighed vidne. Den 14.December 2006 bekræftede appelretten i en langvarig upubliceret udtalelse. Retten fandt, at retssagen havde begået en forfatningsmæssig fejl ved at begrænse krydsforhør, men fandt fejlen at være harmløs og bekræftede overbevisningen. Højesteret i Californien nægtede gennemgang. Forbundsdomstolen afviste Tuites andragende om habeas corpus. Den 8. September 2011 stemte et panel fra den amerikanske appelret for det niende kredsløb 2-1 for at vælte Tuites domfældelse om drab, idet dommen var uretfærdig, fordi retssagen begrænsede krydsforhør af et retsforfølgningsvidne. Panelet udtalte i sin udtalelse, “i betragtning af manglen på beviser, der binder Tuite til forbrydelsen, problemerne med DNA-beviserne, juryens dødvande og kompromisdom og vægten og den strategiske position af Mccrarys vidnesbyrd, er denne sag en af de “usædvanlige” omstændigheder, hvor vi befinder os ” i virtuel ligevægt med hensyn til fejlens uskadelighed.’O’ Neil v. McAninch, 513 U. S. 432, 435 (1995). Vi må behandle fejlen som påvirker dommen, og vi er tvunget til at give stævningen.”Tuite V. Martel, nr. 09-56267. Det blev bemærket, at anklagemyndigheden under retssagen ikke kunne fremlægge sporingsbevis for huset på sagsøgtes tøj eller person, og der blev heller ikke fundet sporingsbevis for sagsøgtes person eller tøj i huset, fakta, som appelretten citerede, hvilket førte til Domstolens afgørelse om manglende bevis.
Tuite fik en ny retssag, der begyndte den 24.oktober 2013. I afsluttende argumenter, hans advokat, Brad Patton, fortalte jurymedlemmer, at Tuite aldrig havde været i Kråkehuset, og ville ikke have været i stand til at finde Stephanies soveværelse i det mørke hjem. Derudover fandt efterforskerne ikke hans fingeraftryk eller DNA i boligen. Patton sagde, at Stephanie må have været holdt nede under en dyne for at holde hende stille, mens en anden stak hende. Han sagde også, at eksperter vidnede om, at blodpletterne på Tuites skjorter ikke var der, da disse skjorter oprindeligt blev evalueret, og kom der gennem forurening under analysen af gerningsstedet. Anklageren, viceadvokat Alana Butler, sagde under sit afsluttende argument, at Tuite var i området ved kragen hjem natten Stephanie blev dræbt. Han bankede på døre og ledte efter en kvinde ved navn Tracy, som han var vred på, fordi hun havde afvist ham et par år tidligere. Han var “besat og vrangforestilling”. Butler sagde Tuite vandrede ind i kragen hjem på omkring 10 PM gennem en åben dør. En gang kom han ind i huset, hun kunne ikke fortælle nøjagtigt, hvad der skete, men han gik ind i Stephanies soveværelse og stak hende mindst ni gange, og hendes blod blev fundet på to skjorter, som han havde på, da han blev kontaktet af politiet den næste dag.
den 5.December 2013 returnerede juryen en dom om ikke skyldig. Bagefter sagde en jurymedlem, at der ikke var noget bevis for, at Tuite nogensinde var i Kråkeboligen den aften, og at jurymedlemmerne var bekymrede for, at offerets blod måske var kommet på hans skjorter gennem forurening, så de så hårdt på denne mulighed.