tidlig muslimsk periode; locationEdit
moskeen er opkaldt efter Omar (Umar) ibn al-Khattab (c. 581-644), den anden Rashidun kalif. Efter at have erobret Jerusalem var Omar rejst til Betlehem i 637 e.kr. for at udstede en lov, der ville garantere respekt for Helligdommen og sikkerhed for kristne og præster. Kun fire år efter den islamiske profet Muhammeds død bad Omar angiveligt på moskeens placering.
akut al-Hamavi (d. 1229) fortæller, hvordan kalif Omar blev rådgivet af en kristen munk til at bygge en moske i en arkaderet bygning eller haniyya, snarere end at omdanne Fødselskirken til en moske. Yakut placerer haniyya på et sted, hvor bibelske konger David og Salomo blev anset for at være begravet. I det tidlige 10. århundrede, eutychius af Aleksandria (877-940) beskriver haniyya som placeret inden for et kristent sted mod syd og dermed passende til muslimsk bøn (chibla) og nævner Omar som at tillade muslimer at bede i haniyya kun en ad gangen; og forbyder dem at røre ved noget der, samt at opfordre til eller lede menighedens bønner inde. Eutychius klagede over, at muslimer i sin tid, det tidlige 10.århundrede, havde brudt disse tre regler. Udviklingen af status for dette sted for bøn ser ud til at have været fra et arkaderet rum knyttet til en kristen bygning, hvor muslimer i første omgang kun havde begrænsede rettigheder til at udføre bønner, til en menighedsmoske startende fra det tidlige tiende århundrede.
den nøjagtige placering af haniyya er ikke klar, men det sted, der i senantikken blev anset for at være gravstedet for David og Salomo, blev beskrevet af Pilgrim of Bordeuks (330) som ikke langt fra Fødselskirken og af pilgrimme Pilgrim (570) som en halv romersk mil fra byens centrum.
moderne moske på ny placering (1860)Rediger
den nuværende moske blev bygget i 1860 den blev bygget i 1860 på en grund givet til formålet af den græsk-ortodokse kirke og blev renoveret i 1955 under jordansk kontrol over byen. Det land, der blev brugt til dets opførelse, blev doneret af Jerusalems græsk-ortodokse kirke. Tidligere, før fremkomsten af pærer, var det almindeligt for muslimer og kristne i Betlehem at tilbyde olivenolie til at lyse op i moskeens omgivelser, bevis for religiøs sameksistens i byen.
spændinger (2000 ‘ erne)Rediger
den 20.februar 2006 annullerede Dalai Lama sit besøg i moskeen blandt andre steder på grund af pres fra Kinas regering. Den Palæstinensiske Myndighed havde anmodet om annullering. En embedsmand fra Udenrigsministeriet, Majdi al-Khaldi, fortalte journalister,
efter anmodning fra den kinesiske regering har vi ikke modtaget eller behandlet ham i betragtning af hans separatistiske ambitioner for Tibet…. I betragtning af vores venlige forbindelser med den kinesiske regering, der støtter det palæstinensiske folk, bad vi de lokale (Betlehem) myndigheder samt civilsamfundsgrupper om ikke at modtage ham, og de accepterede vores anmodning.
i februar 2007 arresterede Israels Shin Bet-sikkerhedsagentur 20 mænd, der angiveligt blev rekrutteret til en “Hamas-forbundet celle” af en muslimsk gejstlig i Omar-moskeen. Ikke desto mindre forblev moskeen fredelig, da den palæstinensiske præsident Mahmoud Abbas besøgte juleaften 2007.