med støtte fra den amerikanske regering udsteder Panama en uafhængighedserklæring fra Colombia. Revolutionen blev konstrueret af en panamansk fraktion støttet af Panama Canal Company, et fransk-amerikansk selskab, der håbede at forbinde Atlanterhavet og Stillehavet med en vandvej over Panamas landtange.
i 1903 blev Hay-Herr-traktaten underskrevet med Colombia, der gav USA brug af Isthmus i Panama til gengæld for økonomisk kompensation. Det amerikanske Senat ratificerede traktaten, men det colombianske senat, der frygtede et tab af suverænitet, nægtede. Som svar gav præsident Theodore Roosevelt stiltiende godkendelse til et oprør fra panamanske nationalister, som begyndte den 3.November 1903. For at hjælpe oprørerne fjernede den amerikansk-administrerede jernbane i Panama sine tog fra den nordlige terminal af Collirn og strandede således colombianske tropper sendt for at knuse oprøret. Andre colombianske styrker blev afskrækket fra at marchere mod Panama ved ankomsten af det amerikanske krigsskib Nashville.
den 6.November anerkendte De Forenede Stater Republikken Panama, og den 18. November blev Hay-Bunau-Varilla-traktaten underskrevet med Panama, hvilket gav De Forenede Stater eksklusiv og permanent besiddelse af Panamakanalområdet. Til gengæld modtog Panama $10 millioner og en livrente på $250.000 begyndende ni år senere. Traktaten blev forhandlet af den amerikanske udenrigsminister John Hay og ejeren af Panama Canal Company. Næsten øjeblikkeligt blev traktaten fordømt af mange panamanere som en krænkelse af deres lands nye nationale suverænitet.
den 15.August 1914 blev Panamakanalen indviet med passagen af det amerikanske skib Ancon, et fragt-og passagerskib. Efter årtiers protest og forhandlinger gik Panamakanalen over til Panamansk kontrol i December 1999.