efter at Panamakanalfirmaet gik konkurs i 1888 midt i anklager om svig, blev Bunau-Varilla efterladt strandet i Panama. Han kæmpede for at finde en ny måde at konstruere kanalen på. Da det nye Panamakanal-selskab sprang tilbage i sit hjemland Frankrig, Bunau-Varilla sejlede hjem efter at have købt en stor mængde lager. Men som de Lesseps’ selskab havde før, opgav det nye Panama Canal Company snart bestræbelserne på at bygge kanalen. Det solgte jorden i Panama til USA i håb om, at virksomheden ikke ville mislykkes helt. Den amerikanske præsident Grover Cleveland, en Antiimperialist, undgik kanalspørgsmålet. Da den mere støttende Theodore Roosevelt blev præsident i 1901, genoptog kanalplanlægningen i USA. Bunau-Varilla promoverede energisk en kanal i Panama. Med hjælp fra Det Nye Panamakanal Company ‘ s advokat, overtalte han regeringen til at vælge Panama som kanalsted i modsætning til det populære alternativ, Nicaragua. Da modstandere gav udtryk for deres interesse i at konstruere en kanal gennem Nicaragua, som var en mindre politisk ustabil nation, lobbyede Bunau-Varilla aktivt i USA, for eksempel ved at distribuere Nicaraguanske frimærker med bøjende vulkaner til senatorer. Gennem lobbyvirksomhed af forretningsfolk, embedsmænd og den amerikanske offentlighed overbeviste Bunau-Varilla den amerikanske Kongres om at passende 40 millioner dollars til det nye Panama Canal Company under Spooner Act of 1902. Midlerne var betinget af at forhandle en traktat med Colombia om at skaffe jord til kanalen på dens område Panama.
adskillelse af Panama fra ColombiaEdit
Colombia underskrev Hay-Herr Kurtn-traktaten i 1903 og afstod land i Panama til De Forenede Stater for kanalen, men senatet i Colombia afviste ratifikation. Bunau-Varillas selskab var i fare for at miste de 40 millioner dollars af Spooner Act, og han udarbejdede planer med panamanske juntas i Ny York for krig. På tærsklen til krigen havde Bunau-Varilla allerede udarbejdet den nye nations forfatning, flag og militære etablering og lovet at flyde hele regeringen på sin egen checkbog. Bunau-Varillas flagdesign blev senere afvist af det panamanske Revolutionære Råd med den begrundelse, at det blev designet af en udlænding. Selvom han forberedte sig på en mindre borgerkrig, var volden begrænset. Som lovet indskød præsident Roosevelt en U. S. flåde mellem de colombianske styrker syd for landtangen og panamanske separatister.
amerikansk kontrol med kanalområdetrediger
Bunau-Varilla, som Panamas ambassadør i USA, blev investeret med befuldmægtigede beføjelser af præsident Manuel Amador. Da han manglede formelt samtykke fra Panamas regering, indledte han forhandlinger med den amerikanske udenrigsminister, John Hay, om at give kontrol over Panamakanalen til USA. Ingen panamanere underskrev den resulterende Hay-Bunau-Varilla-traktat, skønt den blev ratificeret i Panama den 2.December 1903. Bunau-Varilla havde modtaget sit ambassadørskab gennem økonomisk bistand til oprørerne, han havde ikke boet i Panama i sytten år, og han vendte aldrig tilbage, hvilket førte til anklagen om, at han blev “udnævnt til Minister med kabel”. Panamanere har længe været imod hans forrådte tillid, der blev lagt i ham af de nye panamanske myndigheder. Traktaten blev endelig fortrydt af Torrijos-Carter-traktaterne i 1977.