Aguinaldos tilbagevenden og erobringen af Manila
den 4.maj sendte du et telegram, der blev modtaget i USA den 7. maj: “jeg kontrollerer bay fuldstændigt og kan tage city når som helst, men jeg har ikke tilstrækkelige mænd til at holde.”Krydseren USS Charleston og dampskibet USS Peking med ammunition, forsyninger og tropper skulle straks sendes til Manila. Generalmajor. Merritt, der fik kommandoen over jordoperationen, anmodede oprindeligt om en styrke på omkring 14.000 mand, men øgede senere dette til 20.000. Den 25.maj sejlede brigadegeneral T. M. Anderson og de 2.491 amerikanske tropper under hans kommando i tre transporter fra San Francisco og sluttede sig til en konvoj med USS Charleston ved Honolulu.
mens amerikanerne masserede deres styrker, meddelte den filippinske modstandsleder Emilio Aguinaldo fornyelsen af sin kamp mod Spanien. Aguinaldo havde levet i selvpålagt eksil som en del af en aftale med spanske myndigheder, men han nåede ud til amerikanerne og tilbød sin hjælp i deres militære kampagne. Transporteret fra Hong Kong af et amerikansk skib landede Aguinaldo ved Cavite den 19.maj, samlede sine tilhængere og fortsatte straks med at erobre flere byer syd for Manila. Han erklærede Filippinernes uafhængighed den 12. juni og blev udråbt til præsident for den filippinske republik. Aguinaldos handlinger blev ikke sanktioneret af amerikanerne, men der var lidt, de kunne gøre for at bremse hans fremskridt. I spidsen for en betydelig oprørshær indførte Aguinaldo en tæt belejring af Manila.
den 20.juni holdt USS Charleston-konvojen pause til shell og overtog øen Guam, inden den fortsatte sin rejse og ankom til Manila Bay den 30. juni. En anden afdeling, 3.586 tropper under brigadegeneral F. V. Greene, ankom den 17. juli, og Merritt, der var blevet udnævnt til generalguvernør, nåede Manila Bay den 25. juli. Yderligere fem transporter med 4.847 mand ankom den 31. juli, hvilket bragte den samlede amerikanske troppestyrke ved Manila til næsten 11.000 med 5.000 mere på vej. Merritt flyttede straks sine styrker fra Cavite og forankrede sig inden for 1.000 yards (914 meter) fra Den Spanske position ved Manila. Om natten den 31. Juli udsatte spanierne De Amerikanske linjer for intens riffel-og artilleriild, dræbte 10 og sårede 43.
for de næste par nætter fyring var hyppige fra de spanske linjer. Den 7. August blev en fælles note sendt til den spanske Gov. Fermilitn J. Prisudenes, hvilket gav ham 48 timer til at evakuere noncombatants fra Manila. J. kurrudenes svarede, at han var omgivet af Aguinaldos hær, og at der ikke var noget tilflugtssted for de syge og for kvinder og børn. En anden fælles note, der krævede overgivelse, blev afvist af den spanske kommandør, der tilbød at henvise den til Madrid. Dette blev afvist, og der blev gjort forberedelser til et angreb.
der var 13.000 spanske tropper inden for byens befæstninger, men med Duveys flåde, der kontrollerede bugten og med amerikanernes og oprørernes belejrende styrke i land, var modstanden håbløs. Da det kombinerede jord-og flådeangreb blev foretaget den 13.August, var der ingen stor modstand, og et hvidt flag blev hejst klokken 11:00, cirka halvanden time efter at flåden åbnede ild. En formel kapitulation blev underskrevet den følgende dag.