Stem-loops forekommer i præ-microRNA strukturer og mest berømt i transfer RNA, som indeholder tre ægte stem-loops og en stamme, der mødes i et kløverblad mønster. Den anticodon, der genkender et kodon under oversættelsesprocessen, er placeret på en af de uparrede sløjfer i tRNA. To indlejrede stamme-loop strukturer forekommer i RNA pseudoknots, hvor sløjfen af en struktur udgør en del af den anden stamme.
mange ribosymes har også stem-loop strukturer. Det selvspaltende hammerhovedribosym indeholder tre stammeløkker, der mødes i et centralt uparret område, hvor spaltningsstedet ligger. Den grundlæggende sekundære struktur er nødvendig for selvspaltningsaktivitet.
Hårnålsløjfer er ofte elementer, der findes inden for 5 ‘ UTR af prokaryoter. Disse strukturer er ofte bundet af proteiner eller forårsager dæmpning af et transkript for at regulere translation.
mRNA-stamsløjfestrukturen, der dannes på ribosombindingsstedet, kan kontrollere en initiering af translation.
Stem-loop strukturer er også vigtige i prokaryotisk rho-uafhængig transkriptionsterminering. Hårnålsløjfen dannes i en mRNA-streng under transkription og får RNA-polymerasen til at blive dissocieret fra DNA-skabelonstrengen. Denne proces er kendt som rho-uafhængig eller iboende opsigelse, og de involverede sekvenser kaldes terminatorsekvenser.